【摘 要】
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目的研制一种新型DNA芯片,用于快速检测结核分枝杆菌耐链霉素rpsl和rrs基因突变。方法根据结核分枝杆菌rpsl和rrs基因序列设计探针并制作DNA芯片,用TAMRA(四甲基罗丹明)标记
【机 构】
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中国人民解放军第309医院结研室,生物芯片北京国家工程研究中心
【基金项目】
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“十五”国家重大科技专项“功能基因组和生物芯片”科研基金;军队医学杰出中青年人才科研基金项目(01J020)
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目的研制一种新型DNA芯片,用于快速检测结核分枝杆菌耐链霉素rpsl和rrs基因突变。方法根据结核分枝杆菌rpsl和rrs基因序列设计探针并制作DNA芯片,用TAMRA(四甲基罗丹明)标记的引物扩增结核分枝杆菌rpsl和rrs基因突变热点的片段,与DNA芯片杂交,同时以聚合酶链反应-单链构象多态性(polymerase chain reaction-single stranded conformation polymorphism,PCR-SSCP)和DNA测序法为对照。结果144株结核分枝杆菌临床分离株中,42株链霉素敏感株的PCR-SSCP和DNA芯片杂交结果与结核分枝杆菌标准株完全相同;102株链霉素耐药株中有79株检测到rpsl基因突变77.5%(79/102),其中74株为43位密码子AAG→AGG突变,5株为88位密码子AAG→AGG突变;rrs基因突变5%(5/102),4株为513位密码子A→C突变,1株为516位密码子C→T突变,均与PCR-SSCP和DNA芯片杂交结果一致,余18株未检测到突变。结论用DNA芯片可快速、特异地检测出大多数结核分枝杆菌耐链霉素分离株的rpsl和rrs基因突变,可用于临床耐药性的检测,指导临床用药。
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