基于非标定量(label-free quantitative)蛋白质组学对HER2表达阳性胃癌细胞(N87)和赫赛汀获得性耐药细胞(N87/R)进行蛋白质组学研究,发现耐药细胞蛋白质组的变化。提取的蛋白质样品经还原烷基化、FASP酶解;肽段经自制反相柱(small manual reversed phase,s RP)分离、LC-MS/MS分析;获取的数据通过Protein Database 2.1软件搜库鉴定。采用基于强度定量法(intensity based quantification,IBQ)进行蛋白质定量,寻找差异表达蛋白质。基于Web Gestalt数据库对差异蛋白质进行基因本体分析(gene ontology,GO)、基因–疾病网络构建及通路富集分析。共鉴定蛋白质8 509个,对其中7 163个蛋白质进行生物信息学分析,与母本组相比,耐药组中110个蛋白质显著上调,70个下调。GO富集显示,差异蛋白质在细胞成分、生物过程、分子功能方面明显不同;基因–疾病网络分析表明,差异蛋白质与肿瘤转移、肿瘤侵袭及炎症等相关;Wikipathway富集表明,IL-2、MAPK/ERK、m TOR、aurora A、Ret激酶、NF-κB、免疫调控及代谢通路在耐药细胞中有显著变化;Western blot证实,ERK1/2在耐药组中表达显著增加;MAPK/ERK通路抑制剂SCH772984能够选择性降低耐药细胞活力。结果表明,MAPK/ERK通路激活是赫赛汀获得性耐药的重要机制。本研究为胃癌赫赛汀耐药机制研究提供了理论基础。