葡萄膜黑色素瘤生存预后相关lncRNA的初步筛选及相关性分析

来源 :中华眼视光学与视觉科学杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:fobbvb
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的::通过构建lncRNA-miRNA-mRNA的内源竞争RNA(ceRNA)网络,筛选与葡萄膜黑色素瘤(UM)生存预后相关的长链非编码RNA(lncRNA),并进行相关性分析。方法::以生物信息学为手段,通过疾病预后相关分析,LncRNA亚细胞定位检索,从肿瘤基因组图谱数据库中筛选lncRNA表达数据集。通过mircode数据库和targetscan数据库找到lncRNAs对应的靶microRNA(miRNA),Venn分析筛选出共同的与UM预后相关的miRNA。在多个数据库中同时检索,筛选出共同的miRNA-mRNA。通过KEGG富集与lncRNA-miRNA-mRNA网络可视化,最终确定出与UM生存预后相关的候选lncRNA。结果::在对lncRNA的下游靶miRNA及功能基因的预测中,鉴定出了630对候选miRNA-mRNA。通过ceRNA调控基因表达的机制,筛选出了9个可能发挥ceRNA功能的lncRNA。KEGG分析得到lncRNA的下游调控基因主要富集在参与肿瘤病理进程的信号通路中。SHNG6可能通过调控has-miR-214-5p、has-miR-214-3p、has-miR-let-7b-5p、has-miR-let-7c-3p等miRNAs,调节下游的功能基因n BAX、n IGF1R、n KRAS、n PIK3R1、n PDGFD等。n 结论::lncRNAs通过ceRNAs机制,调控一系列参与肿瘤发生发展的致癌基因的表达,影响UM的预后及治疗,SHNG6、LINC01278等lncRNAs可能在其发生发展、迁移及侵袭等方面扮演着重要角色。“,”Objective::To construct a competing endogenous RNA (ceRNA) network of lncRNA-miRNA-mRNA, and to screen the long non-coding RNA (lncRNA) associated with the survival prognosis of uveal melanoma (UM).Methods::In this study, the expression data set of lncRNA was screened from the Tumor Genome Atlas Database through disease prognosis correlation analysis and a subcellular localization search of lncRNA using bioinformatics methods. Target microRNAs (miRNAs) corresponding to lncRNAs were found by the mircode database, targetscan database, and common miRNAs associated with UM prognosis were screened out by Venn analysis. The common miRNA-mRNA was screened from multiple databases simultaneously. Through KEGG enrichment and lncRNA-miRNA-mRNA network visualization, candidate lncRNAs related to the survival prognosis of UM were finally identified.Results::In the prediction of downstream target miRNAs and the functional genes of lncRNAs, 630 pairs of candidate miRNA-mRNA were identified. Based on the mechanism of gene expression regulation by ceRNAs, 9 lncRNAs that might play the role of ceRNAs were screened out. KEGG analysis showed that the downstream regulatory genes of lncRNAs were mainly enriched in the signaling pathways involved in the pathological process of tumors. SHNG6 may regulate miRNAs such as has-miR-214-5p, has-miR-214-3p, has-miR-let-7b-5p, and has-miR-let-7c-3p, the regulators of downstream functional genes n BAX, IGF1R, KRAS, PIK3R1, PDGFD and so on.n Conclusions::Through the mechanism of ceRNAs, lncRNAs regulate the expression of a series of oncogenes involved in tumor genesis and development, and affect the prognosis and treatment of UM. lncRNAs such as SHNG6 and LINC01278 may play an important role in its occurrence, development, migration and invasion.
其他文献
目的 探讨并比较四种不同加速器治疗床板对VitalBeam加速器四档光子线剂量衰减的影响.方法 将固体水模中心与VitalBeam加速器等中心对齐,将需要测量的CIVCO公司两款床板和Qfix公司两款床板分别放置于固体水模上,床板纵向中心轴对齐中间激光线,使用指形电离室测量模体中心剂量.在VitalBeam的6 MV、10 MV、6 FFF和10 FFF四档光子束能量下,选择10 cm×10 cm和5 cm×5 cm射野,机架角为0°~80°(间隔10°测量),测量无床板时和有床板时的剂量,对比得出各个床
目的 探讨自动计划模块(Auto-Planning)技术在食管癌容积旋转调强放疗(Volumetic Modulated Arc Therapy,VMAT)计划中的优势.方法 选取13例Ⅱ~Ⅲ期同期放化疗的食管癌患者,在Pinnacle V9.10放疗计划系统中分别设计完成人工计划(Manual-VMAT)和基于Auto-Planning的自动计划(Auto-VMAT),比较两组计划靶区的剂量分布以及危及器官(Organ At Risk,OAR)受照剂量,并比较计划优化时间和机器总跳数.结果 两种VMAT
目的 通过评估动态钨门技术的计划质量和执行效率,探讨能否在螺旋断层调强放疗中使用射野宽度5.0 cm的动态钨门(Dynamic Jaw 5.0 cm,DJ5.0)代替2.5 cm固定钨门(Fixed Jaw 2.5 cm,FJ2.5)应用于肺癌立体定向放疗(Stereotactic Body Radiotherapy,SBRT).方法 选取10例肺癌患者,处方剂量40 Gy/5次,相同优化条件下分别使用FJ2.5、射野宽度2.5 cm的动态钨门(Dynamic Jaw 2.5 cm,DJ2.5)和DJ5.
目的 针对目前电磁波治疗仪调整方式工序多、操作复杂等问题,设计一种角度调整操作简便、设备使用寿命长的治疗仪器.方法 以上提过渡杆固定在需要的位置上的方法取代现有的通过螺钉拧紧固定的方式,观察采用螺钉拧紧固定与采用上提过渡杆固定进行20次角度调整定位的用时,选取200例适合使用电磁波治疗仪治疗的患者,分为使用螺钉拧紧固定的对照组100例,使用上提过渡杆固定的观察组100例,比较两组的操作用时、治疗后的效果满意率及器械故障次数.结果 观察组的治疗仪操作用时是对照组用时的50.259%,且稳定安全性和治疗后的效
目的 观察及评估基于问题的教学模式(problem-based learning,PBL)联合基于案例的教学模式(case-based learning,CBL)在皮肤科临床实习教学中的应用价值.方法 选取2020年6—8月于本院皮肤科实习的留学生为观察组,采用PBL联合CBL教学模式;另选取2020年9—11月于本院皮肤科实习的留学生为对照组,采用授课为基础的学习法(lecture-based learning,LBL)的传统教学模式.通过出科考核(理论考试+病例分析)及问卷调查的形式,评价PBL联合C
目的 探究专业认证背景下口腔医学本科实践教学改革的效果.方法 将2018年1—12月牡丹江医学院口腔医学院16级口腔医学本科生未实施实践教学改革的60名口腔医学本科生作为对照组,2019年1—12月实施专业认证背景下实践教学改革的60名口腔医学本科生作为观察组,比较两组学生考试成绩、教学效果以及对教学方式的满意度.结果 两组学生考试成绩比较,观察组理论知识、操作技能、综合素质评分均高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05);对比两组教学效果结果显示,观察组各项评分均高于对照组,差异均有统计学意义(P<
目的 探讨案例教学法与传统教学法在普外科临床教学中的效果.方法 2018年9月—2019月10月期间,选择本院普外科接收的临床医学五年制本科生作为实习生进行研究,共74名进行随机分组,对照组采取传统教学法,共37名,观察组采取案例教学法,共37名,对两组试卷考核成绩及技能考核成绩进行统计,并评价实习生教学满意度及胜任力.结果 观察组理论考核、病理分析及及总成绩均明显高于对照组(P<0.05).观察组问诊、体格检查、临床判断、专业素质、谘商技巧、组织效率及整体表现等技能考核成绩均明显高于对照组(P<0.05
以案例为基础的学习方法(case-based learning,CBL)是医学教育体系中常用的方法.本院于2016年下半年起在内科学课程中开展“主动见习通融教学”,在此过程中,CBL教学法充当了临床教学的主要教学方法,获得广大师生的一致好评.但是本院在施教过程中也发现,CBL教学法的实施对用来教学的临床病例、老师的讲授及课堂提问设置等的要求均较高,而在教学过程中目前还没有针对CBL教学全面、灵活且有效的评价方法.文章将就此议题展开讨论,阐述形成性评价体系的定义及方法,分析形成性评价体系与CBL教学法结合的
本研究通过构建翻转课堂融合CBL的教学模式,探讨该模式在高等医学教育中的效果.研究结果表明新的融合教学模式可极大的调动医学生的主动性和好奇心,学生的临床实践水平和解决实际问题的能力明显提高,大部分学生愿意尝试新型教学模式的改革.翻转课堂融合CBL的新型教学模式有望超越传统教学模式,符合高等医学教育信息化的发展潮流.本教学团队在高年资本科生(包括实习生)、研究生、住培生群体开展翻转课堂融合CBL教学模式改革尝试,并在学生中开展对新型教学模式实践满意度调查,总结几年教学的心得体会,对翻转课堂融合CBL模式在高
目的 观察PBL教学法在手术室护士带教中的应用效果,分析其临床适用价值.方法 将本院2019年1月—2020年6月手术室新入职护士46名作为本次研究对象,按照盲选法将其分为对照组和观察组,每组有23名.其中,对照组运用的是传统教学法,观察组运用的是PBL教学法.对两组护士培训前后的综合能力从理论知识、基础操作、沟通能力、文书写作、安全意识几个方面进行评估.同时,就其对带教方案的满意度进行评估.结果 在干预前,两组护士的理论知识、基础操作、沟通能力、文书写作、安全意识等评分比较,差异无统计学意义(P>0.0