【摘 要】
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本研究为揭示软枣猕猴桃中无色花色素双加氧酶(leucoanthocyanidin dioxygenase,LDOX)基因结构及其功能.运用生物信息学方法对软枣猕猴桃LDOX核苷酸及氨基酸序列进行深入分析,构建LDOX基因的蛋白互作网络,并进行GO及KEGG功能注释分析.结果显示:软枣猕猴桃与野茶树、以南高丛蓝莓、蓝莓、金银花及胡萝 卜亲缘关系较近,含有10个保守基序.顺式调控元件主要参与ABA信号途径、响应干旱应答,厌氧诱导、赤霉素、生长素响应因子、MeJA反应、低温响应、光刺激应答响应元件.LDOX理化
【机 构】
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辽宁省经济林研究所,大连,116031
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本研究为揭示软枣猕猴桃中无色花色素双加氧酶(leucoanthocyanidin dioxygenase,LDOX)基因结构及其功能.运用生物信息学方法对软枣猕猴桃LDOX核苷酸及氨基酸序列进行深入分析,构建LDOX基因的蛋白互作网络,并进行GO及KEGG功能注释分析.结果显示:软枣猕猴桃与野茶树、以南高丛蓝莓、蓝莓、金银花及胡萝 卜亲缘关系较近,含有10个保守基序.顺式调控元件主要参与ABA信号途径、响应干旱应答,厌氧诱导、赤霉素、生长素响应因子、MeJA反应、低温响应、光刺激应答响应元件.LDOX理化性质及结构分析表明,其为亲水性蛋白,未发现信号肽及跨膜结构区域,主要包括Ser磷酸化位点(13个)、Thr磷酸化位点(12个)及Tyr磷酸化位点(6个).含有两个O-糖基化位点(Thr4和Thr323),并且在107～109残基位置存在Asn107N-糖基化位点.48～347 bp处含有2-酮戊二酸-Fe2+-双加氧酶家族(20G-Fe Ⅱ Oxy)保守结构域,二级结构主要以无规则卷曲(43.10％)为主.LDOX和F3H、UFGT、FLS及PAL等蛋白之间存在一定互作关系,参与类黄酮生物合成及代谢过程,主要在植物型液泡膜中发挥作用,并且具有调控催化活性及氧化还原活性分子功能.LDOX基因高度保守,在类黄体酮通路中发挥重要的调控作用,为进一步深入探讨软枣猕猴桃LDOX基因功能机制提供了理论依据.
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为探讨过氧化氢酶(Catalase,CAT)在藜麦基因组中的结构和表达特点,分析CAT在藜麦耐受逆境胁迫机制中的作用,本研究从藜麦基因组中鉴定出4个可分为2个亚组的CAT基因家族成员.系统进化树显示藜麦CqCAT基因家族成员的基本特征在单双子叶植物分离之前就已形成.该家族成员的二级结构主要特点为:由α-螺旋和无规则卷曲组成;含20种以上氨基酸,存在10种不同的保守基序.基因启动子区域共预测到响应脱落酸、茉莉酸、水杨酸、低温和干旱等11种相关的顺式作用元件.RNA-seq分析表明该家族成员具有组织特异性表达
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