背景：肠道菌群主要负责维持宿主防御和免疫耐受之间的平衡。此外，肠道菌群与自身免疫性疾病关系密切，且运动可对肠道菌群具有重要调控作用，进而影响着各类自身免疫性疾病的发生发展。目的：总结肠道菌群对1型糖尿病、乳糜泻、炎症性肠病、多发性硬化症和强直性脊柱炎等不同自身免疫性疾病的作用，并围绕运动对肠道菌群的影响以及运动调控肠道菌群对自身免疫性保护的作用进行分析，旨在为自身免疫性疾病的防治提供新的参考与依据。方法：以“Intestinal flora,intestinal bacteria,autoimmune diseases,type 1 diabetes,celiac disease,inflammatory bowel disease,multiple sclerosis,ankylosing spondylitis,exercise”和“肠道菌群、肠道细菌、自身免疫性疾病、1型糖尿病、乳糜泻、炎症性肠病、多发性硬化症、强直性脊柱炎、运动”为关键词，检索PubMed和CNKI数据库1996-2022年间相关文献。根据纳入排除标准选择90篇文献进行综述。结果与结论：（1）1型糖尿病、乳糜泻、炎症性肠病、多发性硬化症和强直性脊柱炎等自身免疫性疾病受到肠道菌群的影响，且肠道菌群在自身免疫性疾病的调控中发挥关键作用。（2）不同运动方式对肠道菌群的影响不同，有氧运动可增加机体中肠道菌群多样性和菌群丰度，改善肠道黏膜免疫屏障功能，降低机体代谢性炎症反应，从而促进健康增强机体抵抗力。但有氧运动调控肠道菌群促进机体健康的途径和具体机制需要进一步研究。无氧运动对机体肠道菌群的影响研究尚存争议，可能与研究对象、研究方法、运动干预的时间强度异质性有关，需要进一步深层次挖掘，但研究均表明无氧运动可通过减轻机体炎症反应、提高胰岛素耐受能力和改善糖脂代谢紊乱，进而改善机体健康。（3）运动可通过调控肠道菌群改善肠道屏障功能、抑制炎症反应、调节肠道菌群稳态和改善血糖稳态等在自身免疫性疾病的防治中发挥重要作用，为运动促进机体健康及自身免疫性疾病的防治提供了新的思路与策略。