分子力场相关论文
分子动力学模拟可以用来研究生物大分子体系的各种性质,如：预测受体和配体之间的亲和力,模拟蛋白质的折叠过程,研究蛋白质与细胞膜......
对蛋白质折叠的研究是生命科学的前沿课题,近些年来利用计算机模拟蛋白质折叠已经成为一种重要的研究手段.但是许多人们感兴趣的生......
随着测序技术的不断提升,鉴定出的蛋白质突变不断增加,对蛋白质突变的致病性评估与致病机理探究,能够帮助人们发现潜在药物靶点,并......
<正>蛋白质天然态结构的稳定形成是其发挥生物学功能的生物物理基础,研究蛋白质残基间相互作用与其结构折叠形成的关系一直是结构......
生物大分子构象的研究一直是结构生物学乃至生物学上的一个非常重要的领域。随着科技的发展和研究方法的不断更新,现在已经有非常......
分子力场在科学研究中越来越重要,使用分子力场模拟的研究方法与传统实验相比,具有成本较低、并且可以准确的观察化学反应每个时刻......
RNA分析是现代分析科学中一个非常重要的课题,是诠释RNA功能、探究疾病分子机制的基础。传统实验方法测定RNA结构的成本高,且无法......
准确描述分子内和分子间相互作用是分子动力学模拟的基础。分子体系势能面描述的准确程度也决定了分子模拟计算结果的可靠性。国内......
蛋白质作为执行生物体内重要功能的载体,其传统的研究思想是“序列-结构-功能”范式。前人研究结果表明真核生物体内有大约有27％~41......
近年来，随着信息时代的发展和计算机运算能力的迅速提升，分子动力学模拟已在研究生物大分子的结构功能关系、探索疾病发生发展机制、......
热力学数据是化工过程和单元操作中的关键数据，在实验研究和化工设计中具有重要作用。随着计算机技术的进步和分子模拟理论的迅速发......
钻井平台技术的提升，使从更复杂环境下勘探开采和利用非常规油气资源得以实现，而在工程设计中，油气体系的粘度、密度等物理性质至关重......
动力学模拟方法已经成为探索生物体系规律和本质的一种重要的工具，其模拟的结果很大程度上取决于所采用的分子力场的优劣。目前广泛......
本工作在采用密度泛函理论对[M(en)](M：前三过渡周期除镧系外所有过渡金属元素，en：glyoxal-diimine)类过渡金属配合物的基态多重度、......
蛋白质是生命体的重要组成部分，其中1/3的蛋白质中含有金属。这些金属离子作为金属蛋白中最重要的辅因子，承担着活性中心或结构中心......
计算机模拟技术在高分子科学领域得到了迅猛的发展，几乎涉及到了高分子物理和化学的各个领域。但是，从微观尺度上模拟高分子链体系，依......
多尺度模拟是指利用不同模拟方法从多个尺度进行研究。本文应用量子化学计算、分子力场和分子动力学方法在电子和原子尺度进行模拟......
分子力场使用经验势函数来描述体系中原子核之间的相互作用。基于分子力场的分子动力学模拟在生物大分子动态行为的研究中扮演着重......
生物大分子模拟在生物研究领域中具有重要作用。如今,量子化学计算和分子动力学模拟在生物分子理论计算领域广为应用。对于分子力......
应用ABEEM/MM模型计算了中等大小水分子团簇(H2O)n(n=7～10)的各种性质,如:优化的几何构型、氢键个数、结合能、稳定性、ABEEM电荷分......
分子动力学是水泥基材料原子级尺度研究的基本方法之一,在混凝土的精细化设计中具有重要应用。C-S-H凝胶是水泥的主要水化产物,决......
基于1PXX晶体结构以及以晶体中双氯芬酸DIF701为模版的双氯芬酸类似物2型环氧合酶（COX-2）抑制剂的结构，利用药效团和自组织分子力场分......
应用ABEEM/MM模型计算了较大的水分子团簇（H2O）n（n=11～16）的各种性质,如：优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,......
氢键弛豫过程决定水溶液中分子的动力学行为,氢键寿命作为理论和实验结果中一个重要的参数通常用以描述溶液中的氢键动力学性质.本......
蛋白质由一条或者多条多肽链构成,多肽链的稳定构象与其构象势能有关,因此,多肽链的构象势能的计算是研究蛋白质结构中较为常用的......
利用grid计算程序软件包，应用分子力场等计算模型模拟了Cu^2＋,Zn^2＋与处于能量最小构象的槲皮素分子间的配位相互作用，得到了Cu^2＋,Zn^2......
采用动态NMR方法,对从海南黄檀中分得的8-C-glucosyl-prunetin及其它7位上羟基烷基化了的8-C苷异黄酮的构象进行了研究.结果表明,......
蛋白质折叠是当前生物和化学领域研究的热点问题，是未来几十年物理、化学以及生物领域亟待解决的难题之一。简述了蛋白质折叠所面临......
应用ABEEM／MM模型研究和计算了水分子团簇（H2O）n （n=7—35）的各种性质，如：优化的几何构型，氢键个数，结合能，稳定性，ABEEM电荷分布，偶极矩，以及结......
选择PCFF和COMPASS分子力场对橡胶态聚合物PDMS和玻璃态聚合物PS1体系进行模拟。COMPASS力场模拟得到的体系密度,O2和N2在PDMS与PS......
建立应用于多肽和蛋白质模拟的ABEEM/MM浮动电荷力场. 利用该模型和参数, 对实际蛋白质分子Crambin(植物种子中的一种小的蛋白质)......
利用分子动力学模拟方法优选适用于深层高温高压条件下流体物性模拟的分子力场。基于OPLS、COMPASS、CVFF和PCFF力场模拟计算5种典......
分子模拟可探究微小时间尺度内体系的动态行为，是研究高分子溶液中扩散现象的有效工具。介绍了用于计算化学和材料科学领域的计算软......
<正> 1 引言分子振动力场的理论计算通常需要进行大量的 ab initio 计算,人们希望能找到有效的办法,使 ab initio 计算的工作量减......
<正>Metal-organic frameworks (MOFs) are recently promising nanoporous materials for hydrogen storage. Although the chemi......
<正>当前用于蛋白质模拟的分子力场会给出不同的二级结构偏好1,并与实验结果有偏离2。这个问题需要通过优化骨架φ,ψ二面角参数来......
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近年来,随着理论方法不断的发展以及计算机能力的持续提高,量子化学(Quantum Chemistry)计算越来越多的成为研究生物大分子结构和......
磷酸酶是细胞信号传导中的关键物质,已经成为癌症、糖尿病等疾病治疗的靶标。抑制剂活性位点处的α氟代效应是抑制剂的开发过程发......
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世界上几乎近三分之一的蛋白质都含有金属离子,金属离子对于蛋白质的结构和功能甚至大多数生命过程都是极其关键的。金属蛋白在细......
离子液体是在绿色化学框架下发展起来的一种新型绿色溶剂,具有挥发性小、热稳定和化学稳定性好、可多次循环使用等优点,有望显著降......
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