自由能微扰相关论文
新颖先导化合物的发现一直是高活性农药小分子开发的瓶颈，传统方法的先导发现效率极低，高通量筛选技术在很大程度上推动了先导化合物......
如何精确的计算靶标-配体结合自由能是药物设计中所面临的关键问题之一。然而目前药物设计中应用广泛的药物-靶标结合能评价方法大......
分子力场作为许多分子动力学模拟和计算机辅助药物设计方法背后的计算模型，决定了这些理论方法的精度极限。这里，我们将介绍基于经典......
我们将 ABEEMσπ 极化力场[1,2]与QM 方法和分子动力学自由能微扰的方法相结合,并应用于研究含钌的两个典型化合物ImH[trans-......
DNA损伤将导致生物体衰老,癌症甚至死亡。2015年的诺贝尔化学奖获得者从实验上揭示人体内的修复酶对DNA损伤具有修复作用,这一修复......
蛋白质-配体的结合过程伴随着复杂的结构变化,在分子模拟可及的时间尺度内难以完全捕获,这使得准确估计蛋白质-配体的结合自由能十......
采用分子动力学方法模拟了天然α,β,γ-环糊精(cyclodextrin,CD)二聚体以及6-O-(4-hydroxybenzoyl)-β-CD(HB-β-CD)二聚体在真空......
本论文应用多种理论化学方法研究了小分子在水溶液中的反应机理以及生理状态下小分子与生物大分子的相互作用。对于小分子的作用机......
TCR识别MHC提呈的抗原肽具有高灵敏性和特异性，识别过程中存在结构和能量的变化。精确计算大分子体系的自由能面临非常多的困难。一......
尽管利用环糊精进行手性分离的实验研究已取得了很大进展，但对不同的对映体其手性识别机理以及所形成包结物的结构信息却少有报道。......
用自由能微扰方法(FEP)计算了两种hydroxamate类的抑制剂和MMP-3的相对结合自由能.在计算中,对于催化区的锌离子与其共价结合的配......
<正>为了解释β-环糊精(cyclodextrin,CD)反常的溶解度,采用分子动力学模拟分别研究了α-,β-和γ-CD在水溶液中的行为。结果表明......
用于药物的发现和优化的基于结构的计算方法在不断取得进步。本文综述了多种此类方法及其应用。其中包括分子的可视化与模建技术、......
为了研究不同结构的表面活性剂分子在水溶液中的胶束化焓-熵补偿现象,采用自由能微扰(FEP)法计算了系列烷基芳基磺酸盐的溶剂化自......
环糊精“内亲水,外疏水”的性质使其在药物包结方面的应用越来越广泛。它和药物分子形成1：1或2：1,甚至是2：2的复合物。在2：1和2：2的复合......
用自由能微扰方法(FEP)计算了2种hydroxamate类的抑制剂和MMP-2的相对结合自由能,自由能计算采用了慢增长(Slow Growth)和固定窗口......
本文利用分子动力学模拟方法分别考察不同浓度表面活性剂的聚集形态、烷基芳基磺酸盐界面性质以及系列烷基芳基磺酸盐的自由能微扰......
本文是在分子设计的基础上,针对课题组合成的系列烷基芳基磺酸盐类表面活性剂,利用分子动力学(MD, molecular dynamics)模拟这个最......
