创新是中国经济高质量发展的重要驱动力,与此同时环境保护问题也刻不容缓,绿色创新效率的提升对中国经济和社会发展具有重要意义。而在研发资本要素市场上存在扭曲,导致研发资本配置低效率。那么研发资本要素市场扭曲对绿色创新效率究竟有怎样的影响,以及这种影响有多大值得进一步展开研究。在当前发展背景下,探究并分析研发资本要素市场扭曲对绿色创新效率的损失是十分有必要的。本文使用2004—2019年30个省级行政区（不含西藏）的数据,基于Super-SBM-Windows-DEA模型测算各省份的绿色创新效率。利用LSDV方法测算的研发资本产出弹性,计算研发资本要素市场扭曲指标,进而构建面板固定效应模型和系统GMM模型,从静态和动态两个方面分析研发资本要素市场扭曲对绿色创新效率的影响,采用分位数回归研究了在不同分位点条件分布处,研发资本要素市场扭曲对绿色创新效率的影响差异。进一步从研发资本配置状况和利率市场化改革前后两个阶段分析研发资本要素市场扭曲对绿色创新效率的异质性影响,并使用面板Tobit模型、更换绿色创新效率指标等方法进行稳健性检验。最后运用反事实检验方法测度并分析研发资本要素市场扭曲的绿色创新效率损失缺口和比例。研究发现无论是运用OLS、FE模型,还是系统GMM模型,研发资本要素市场扭曲均显著抑制了绿色创新效率,且这种抑制作用存在地区差异性。从低分位点到高分位点,研发资本要素市场扭曲的抑制效应随着绿色创新效率的提升逐步增强。系统GMM估计结果表明绿色创新效率具有一定的累积性。研发资本要素市场扭曲每提高1单位,绿色创新效率平均来说会降低0.028。研发资本要素市场扭曲使资本配置效率低下,阻碍绿色创新效率的提升。研发资本配置过度和研发资本配置不足都会对绿色创新效率产生显著的抑制作用,相较而言研发资本配置不足的抑制作用更强。2013年实行利率市场化改革之后,研发资本要素市场扭曲对绿色创新效率的负向作用减小。反事实检验结果表明,全国研发资本要素市场的绿色创新效率损失缺口平均来说达到0.264,消除研发资本要素市场扭曲后,绿色创新效率损失比例将平均降低38.713%。中国各省份的绿色创新效率损失缺口均值为正,且研发资本要素市场扭曲所导致的绿色创新效率损失缺口和比例存在较大的区域差异性。