我国的经济发展方式正在发生重大转变,在这一阶段,创新是引领中国经济保持长期健康增长、维持新常态稳定的关键因素。为了保证创新型国家的顺利建设,企业创新投入的影响因素成为各方关注的重要问题。目前,探究外部环境因素对企业创新投入影响的研究相对较少。由于企业时刻处于环境中,而不确定性作为环境的某一特征,势必会成为企业研发决策中需要考虑的关键要素。在这一背景下,研究环境不确定性对企业创新投入的影响,深入探究其作用机制,对于全面发挥企业的创新主体作用、推动经济结构的优化具有重要意义。基于实物期权理论和委托代理理论,本文从2个方向、5个角度对上述问题进行了分析并提出了相关假设。本文选取2010-2018年A股上市公司作为研究样本,通过多元线性回归考察了环境不确定性对企业创新投入的影响以及在产权性质对两者关系的影响;通过中介效应的检验探析了环境不确定性对企业创新的影响机制。最终得出结论:环境不确定性对企业创新投入具有抑制作用;环境不确定性会通过增加企业融资约束起到抑制企业创新的作用;更进一步的,环境不确定性对国有企业创新投入的抑制作用更显著。以结论为基础,本文从上市公司、政府和国有企业角度分别提出了对策建议:首先,上市公司应当优化考核激励体系和增加信息披露;其次,政府应当推进金融信贷市场化和加大创新激励,缓解企业融资约束;最后,企业应当健全创新项目容错纠错机制,解决创新研发带来的职业风险问题。