“三牧”问题是我国国民经济发展和“三农”问题的重要组成部分，不仅关系到我国西部草原牧区的经济、社会与生态的协调发展，关系到广大牧民增收致富的问题，还关系到国家的生态安全、民族团结、边疆稳定和实施西部大开发战略的大局。要解决“三牧”问题就要充分重视我国西部草原牧区牧民专业合作社的经营发展。在国家政策和畜牧业现代化政策的指导下，由牧民自愿自由联合建立的牧民专业合作社在全国蓬勃发展起来，将分散的牧民组织集中起来成立合作经济组织，向社员提供畜产品养殖、加工、销售、市场信息、技术交流等各项服务。牧民专业合作社作为草原畜牧业产业链建设和运行的重要主体，对推动草原牧区的可持续发展具有非常重要的作用。从当前的实际情况来看，我国西部草原牧区的经济、文化、社会水平等远远落后于农村和乡镇，很多牧民专业合作社的发展缓慢滞后，出现了合作社组织松散、牧民增收缓慢、资源配置效率低下等一系列问题。解决这些问题的关键就要对牧民专业合作社进行系统全面的治理，建立科学规范的合作社治理模式，不仅是解决当前我国牧民专业合作社健康良好发展的根本出路，也是解决我国“三牧”问题的有效途径。基于此，本文将牧民专业合作社的治理模式作为研究重点，致力于解决牧民专业合作社面临的发展困境，为草原牧区的经济协调发展提供思路和参考。　　本文选取我国西部四大草原牧区内蒙古锡林郭勒盟、新疆阿勒泰地区、青海海北藏族自治州和甘肃甘南藏族自治州作为研究对象，由于这四个牧区拥有广阔的天然草场、牧民分布广泛，也是牧民专业合作社发展的聚集地，因此对于牧民专业合作社治理模式的研究更具有典型性。首先，本文根据实际调研问卷、统计数据以及部门资料等对我国蒙新青甘四大草原牧区的牧民专业合作社的基本情况进行详细分析，了解当前四大草原牧区牧民专业合作社治理现状以及在治理过程中存在的一些问题。其次，结合国内专家和学者的相关研究，将我国四大草原牧区牧民专业合作社的治理模式划分为普通牧民主导型、牧区大户主导型和畜牧企业主导型，并找出合作社治理模式的影响因素，构建出完整的指标体系。最后，文章利用无序多分类Logistic回归模型，将牧民专业合作社对治理模式选择的实际情况进行验证，根据实证结果找出关键影响因素并得出研究结论，利用结论提出相应的对策建议，为今后合作社的规范治理提供理论参考，并对未来牧民专业合作社治理模式的创新发展提出新的思路。