水污染治理是我国生态文明建设的重要方面。深入打好水污染防治攻坚战,对开启“十四五”时期生态文明建设新篇章具有重要意义,但在跨流域水污染治理中,流域地方政府为什么难以开展有效持续的合作一直是困扰流域水污染治理的问题。文章以怎样使现有协作机制长效运行进而推动流域地方政府克服集体性行动难题为研究问题,从制度性集体行动理论和跨域治理理论的视角出发,以普洱大河流域的水污染治理为个案,分析流域地方政府的协作机制受不同推动要素影响的运行概况,根据分析结果相应提出促进跨流域协作机制长效运行的对策。研究结果表明:促成各类协作机制的初始条件同样影响着协作机制运行的长效性,普洱大河流域在有利的地理位置、共同的管辖区域、相互之间的合作基础、河长制的政策要求等因素影响下,促成思茅区与宁洱县实现了相互之间理解、信任的协作结构,但在实际治理中,较好的协作条件未能促成两地开展有效长久的协作。一方面,普洱大河流域水污染治理主要依靠政策要求与上级领导的推动,形成了强制协同为主的协作格局,呈现出高成本的治理倾向,无形中加剧行政资源的浪费;另一方面,受到协作制度设计不健全、部门碎片化管理、共同政策目标模糊、信息不对称等因素的影响,现有的协作结构不能充分调动自愿治理的要素,呈现出高风险的治理倾向。为了使现有协作机制能够充分调动治理条件与治理能力,实现跨流域治理的常规化与长效化,文章提出加强良好制度设计、强化一致性动机、明确共同政策目标、提高信息交互水平的建议,并对如何调动制度性集体行动理论中的协作因素实现集体行动的长效性做进一步的思考和探讨。