我国环境问题和矛盾随着经济发展正在日益突出,为减少地方政府的干预,国家对生态环境系统进行了垂直管理改革。文章以昆明市为研究对象,通过案例分析和统计资料分析,对昆明市环境行政处罚的变化情况进行分析,探索昆明市环境行政处罚困境和对策方法,着力明确昆明市垂直管理改革背景下,环境行政处罚“谁在罚”“罚了谁”“为什么罚”“罚的效果怎样”等现实问题。研究发现:昆明市生态环境垂直管理改革背景下,环境行政处罚的执法者未发生根本变化、执法对象趋于弱势、处罚强度有所增加、共同参与的情况增多。主要体现在执法主体未发生根本变化、执法人员基本为原班人马、环境执法管理结构重新整合、对个人（个体）的处罚增多、对非企业类型的处罚增多、对大规模公司的处罚趋于减少、处罚数量和金额增长、可处罚对象未见增加、环境法律法规调整前后对应案件类型无明显波动、听证情况有所增多、行政救济情况增多、部门权责交叉依然明显。研究认为:在垂直管理改革后,昆明市环境行政处罚存在能力略显疲软、价值凸显不足、支持多方弱化的情况,需要针对这些方面的问题有针对性地进行改善。