作为全球第一大温室气体排放国,我国当前碳排放量已占全球总量的近1/3。面对巨大的气候变化减缓压力,从2011年起,我国在七省（市）先后启动碳交易试点,并于2017年12月19日正式启动全国碳排放交易市场。与此同时,我国还面临着另一严峻的环境问题——大气污染。值得注意的是,气候变化与大气污染具有同根同源性,对化石能源的利用过程和部分生产过程会同时排放大气污染物与温室气体,这一领域正是碳市场的规制范围,因此碳市场具备协同治理的可行性。而受能源燃烧、生产过程、末端治理等过程的影响,不同排放物具有不同的生命周期,研究全国碳市场机制如何设计才能够最大化的发挥温室气体减排与大气污染防控的协同作用,对中国实现中长期的碳减排目标以及空气质量目标将起到十分重要的现实意义。为探究全国碳市场机制设计的协同减排效果,本文基于对碳市场协同减排路径的理论分析,运用系统动力学构建了碳交易系统协同减排效应的经济-能源-环境3E模型,利用拟合法、回归分析等方法对47个变量之间的数理关系进行刻画,在对模型进行历史性检验后,先单一调节行业覆盖范围并迭代试验,探索出在不同协同策略下的行业纳入顺序,随后调节年度线性减量因子、拍卖比例、惩罚力度的设定,分析了各情境下碳市场所能取得的协同减排效果。通过仿真模拟,本文发现,碳交易市场在减缓气候变化并治理大气污染方面具有积极的推动作用,主要结论如下:（1）全国碳市场如要最大化发挥减碳的效果,应按照钢铁、建材、石化、化工、有色、造纸的顺序逐步扩大行业覆盖范围;如要在减碳的同时权衡协同减硫的效果,应按照钢铁、石化、建材、化工、有色、造纸的顺序逐步扩大行业覆盖范围;如要最大化的发挥协同减硫的效果,应按照石化、钢铁、有色、化工、建材、造纸的顺序逐步扩大行业覆盖范围。（2）当行业覆盖范围固定时,碳市场其它机制要素对协同减排的影响分别为:第一,配额总量的变动对CO2和SO2减排量的影响最明显,当配额总量以适中的速率逐年减少时,可兼顾协同减排效果和经济效益。第二,拍卖比例的变动对CO2和SO2减排量的影响最小,比起固定的低拍卖比例或高拍卖比例,渐进式的提高拍卖比例能够在减排效果和经济效益间取得平衡。第三,当初始的惩罚力度过低时,即使后期逐步提高,所产生的减排效果也无法达到一直保持较高惩罚力度时的效果。（3）碳市场的规制范围越大,规制强度越高,对经济发展的影响也会增加。碳市场对于经济发展的影响呈U型,初期经济对碳市场运行的敏感度较高,所受冲击程度较大,随着控排主体提高能源效率、改善能源结构,在GDP损失率下降到一定程度后,宏观经济受冲击的程度开始缩小。基于上述结论,本文给出的政策建议如下:（1）碳市场管理者需加快摸底碳市场的协同减排潜力,建立评估碳市场协同减排效果的标准,厘清不同策略下的行业纳入顺序。（2）发挥政府引导作用,兼顾碳市场对大气污染治理的协同效益,根据中长期的减排目标,设置合理的年度配额减量比例,对超额排放等碳市场违约行为施加严格的惩罚力度,激励企业提高能源利用效率,改善能源消费结构。（3）坚持市场导向,逐步提高配额分配中的拍卖比例,兼顾减排效果与经济效益。在全国碳市场运行初期,为保障碳交易体系的顺利运转,配额发放模式应以免费分配为主,随着市场机制逐渐成熟,应有序提高一级市场中的配额拍卖比例,促进有偿分配机制发挥价格发现等功能。（4）加强全国碳市场与其它环境权益要素市场的对接。应立足大气污染和气候变化同根同源的密切关联,梳理相关环境权益交易制度的逻辑框架,明确全国碳市场在其中的定位和边界,使全国碳市场与其它市场形成良性的互补与竞争关系。