目的:应用宏基因组二代测序技术诊断中枢神经系统细菌感染,了解中枢神经系统细菌感染的临床特征及预后因素,探讨宏基因组二代测序技术的临床应用,为临床诊治提供依据。方法:回顾性收集并分析2019年1月至2021年9月就诊于河北医科大学第二医院,应用宏基因组二代测序技术确诊为中枢神经系统细菌感染（不包括结核分枝杆菌和布氏杆菌等感染）的46例患者的临床资料。以出院时患者病情为截点,根据格拉斯哥结局评分分为预后良好组（共25人）与预后不良组（共21人）。总结中枢神经系统细菌感染的临床表现、影像学和脑脊液细菌谱等临床特征,分析预后因素,探讨宏基因组二代测序技术的临床应用。结果:46例中枢神经系统细菌感染患者中男性36例,女性10例,性别比为3.6:1。患者发病年龄的中位数（第25百分位数,第75百分位数）为53.5（32.0,63.3）岁。一年四季均可发病,秋冬季高发。患者既往多有头颅外伤史、神经外科手术史和糖尿病病史。最常见的临床表现为头痛和发热。46例患者共送检血培养25例,脑脊液培养37例,其中血培养阳性5例,脑脊液培养阳性2例。46例患者脑脊液宏基因组二代测序均检出致病细菌,共27种。检出率较高的细菌包括肺炎链球菌、星座链球菌、核粒梭形杆菌、牙龈卟啉单胞菌和肺炎克雷伯菌。厌氧菌或兼性厌氧菌占比高达74.1%。14例脑脊液标本检测了细菌耐药基因,其中阳性10例。与患者治疗方案对比,大部分患者治疗药物中不包括耐药药物,未根据检测结果调整治疗方案。3例患者治疗后复查脑脊液宏基因组二代测序,细菌特异序列数与患者病情、脑脊液白细胞数和蛋白水平变化趋势相同。以出院时患者病情为截点,21人（45.7%）遗留神经功能缺损或死亡。将预后良好组与预后不良组数据进行分析,结果显示中枢神经系统细菌感染的预后因素包括年龄（P=0.036）,发热、颈部僵硬和意识状态改变三联征（P＜0.001）,意识状态改变（P＜0.001）,消化道出血（P=0.011）和血清降钙素原水平（P=0.001）。多因素Logistic回归分析发现血清降钙素原水平[1.330（1.002,1.764）,P=0.048]是中枢神经系统细菌感染的独立预后因素,血清降钙素原水平升高与不良预后相关。结论:1.本研究显示中枢神经系统细菌感染男性发病率高于女性。既往多有头颅外伤史、神经外科手术史和糖尿病病史。最常见的临床表现为头痛和发热。2.传统实验室检测方法,例如血培养和（或）脑脊液培养在中枢神经系统细菌感染中仍具有诊断价值,但检出率低。宏基因组二代测序可检出常规培养无法生长的病原菌,如厌氧菌或兼性厌氧菌。3.宏基因组二代测序可检出细菌耐药基因,但对临床应用抗生素的指导意义有待进一步证实。宏基因组二代测序可半定量监测病原菌特异序列数,有利于动态观察疾病进展及疗效。4.本组病例中,45.7%的患者出院时遗留神经功能缺损或死亡。血清降钙素原水平[1.330（1.002,1.764）,P=0.048]是中枢神经系统细菌感染的独立预后因素,血清降钙素原水平升高与不良预后相关。