基于单细胞测序对新生大鼠缺氧缺血性脑损伤后松果体的细胞亚群分析

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目的:通过建立新生大鼠缺氧缺血性脑损伤(Hypoxic-ischemic brain damage,HIBD)模型,利用10X单细胞RNA测序技术,分析新生大鼠HIBD后松果体组织的细胞亚群及其组成的变化,并在单细胞水平上研究不同细胞亚群的转录组变化,探索新生大鼠HIBD后松果体组织中不同细胞亚群变化的潜在分子机制。方法:1.采用7日龄SD新生大鼠,根据改良Rice-Vannucci法建立HIBD模型,随机分为缺氧缺血组(HIBD组)和假手术组(Sham组),根据动物的行为改变、脑组织大体形态及TTC染色鉴定HIBD模型;2.应用10X单细胞RNA测序技术,首先从分子水平上明确了新生大鼠HIBD后24h和72h松果体组织中不同细胞亚群及其组成的变化,并在单细胞水平上探索不同细胞亚群的转录组变化,通过统一流形逼近与投影(Uniform Manifold Approximation and Projection,UMAP)降维可视化算法对细胞簇进行分析,探索HIBD后松果体内沿时间轴发生的分子和细胞事件的动态和形成性图像;3.通过免疫组化和TUNEL法检测HIBD后松果体组织中细胞增殖、凋亡情况;4.RT-qPCR检测与松果体功能直接相关的标志基因芳烷基胺N-乙酰转移酶(Aanat)和乙酰血清素甲基转移酶(Asmt)mRNA表达情况;5.Western blot法检测松果体中程序性细胞死亡(Programmed cell death,PCD)通路的关键分子:NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白3(NLRP3)及其下游靶基因Gasdermin-D(GSDMD)和半胱天冬酶-1(Caspase-1)等的蛋白表达情况,进一步研究新生大鼠HIBD后松果体组织中不同细胞亚群变化的潜在分子机制。结果:1.单细胞测序结果显示Sham组和HIBD组新生大鼠松果体组织中均存在5种细胞类型:松果体细胞、星形胶质细胞、小胶质细胞、血管和软脑膜细胞以及内皮细胞;根据不同细胞标志物的差异表达情况,松果体细胞进一步分为α和β两种亚型,星形胶质细胞进一步分为α、β和γ三种亚型,小胶质细胞进一步分为α和β两种亚型;2.新生大鼠HIBD后24h和72h松果体组织中内皮细胞比例保持不变;在HIBD后24h和72h,松果体细胞的总比例相对不受影响,而与β-松果体细胞相比,α-松果体细胞比例明显增高;在HIBD后72h观察到γ-星形胶质细胞比例显著增高;在HIBD后24h两种小胶质细胞亚型的比例没有受到影响,而在HIBD后72h,两种亚型的比例均显著降低;3.单细胞测序结果显示,在损伤后24h和72h,Sham组和HIBD组的松果体组织不同细胞亚群中Ki67的表达没有明显差异;免疫组化染色结果显示松果体组织中Ki67的表达在Sham组和HIBD组之间没有显著差异;TUNEL检测显示HIBD后24h和72h松果体切片中凋亡细胞均很少;4.以转录因子Lhx4为标志的松果体细胞是松果体组织的主要细胞成分;不同亚型的总体RNA结果显示,与24h相比,α-松果体细胞和β-松果体细胞的转录组在72h发生了更显著的变化;在新生大鼠HIBD后24h,两种松果体细胞亚型中色氨酸羟化酶1(Tph1)和Asmt均表达上调;RT-qPCR结果显示Asmt的表达在HIBD后24h出现短暂增加,在HIBD后72h显著降低;在HIBD后的两个时间点,Aanat的表达均显著降低;5.三种星形胶质细胞亚型都增加了转录因子Sox9的表达,但它们表现出反应性星形胶质细胞标记物的差异性表达,具体而言,α-星形胶质细胞中波形蛋白在HIBD后24h和72h表达上调,S100a10在HIBD后24h表达上调,在HIBD后72h表达下调;β-星形胶质细胞中波形蛋白和S100a10在HIBD后24h和72h均表达上调;γ-星形胶质细胞中基质金属蛋白酶-2(MMP2)在HIBD后24h和72h表达上调;值得注意的是,胶质纤维酸性蛋白(GFAP)和补体因子3(C3)这两种常见的反应性星形胶质细胞标记物未通过单细胞测序发现。6.两种小胶质细胞亚型中典型标记物P2ry12和Cx3cr1在损伤后24h表达短暂上调,在72h表达下调。两个时间点均观察到α-小胶质细胞中趋化因子(C-C)配体4和3(Ccl4和Ccl3)的表达上调;β-小胶质细胞中Ccl3表达延迟上调,而Cc14则没有上调。两种小胶质细胞亚型中PCD通路关键分子的表达结果显示Caspase-1表达上调;NLRP3及GSDMD的表达同时激活;Caspase-3和Caspase-7激活程度最低。Western Blot结果显示,在HIBD后24h和72h松果体组织中NLRP3、Caspase-1和GSDMD的表达均显著上调;GSDMD-N显示出随后的上调。TUNEL荧光检测显示Caspase-1与Iba1共定位。结论:1.新生大鼠HIBD后松果体组织中细胞亚群的组成及转录组均发生不同程度变化,提示松果体组织中细胞亚群组成或功能改变在HIBD病理生理中发挥重要作用,可能参与围产期缺氧缺血引起的昼夜节律紊乱的分子机制;2.新生大鼠HIBD后松果体组织中的小胶质细胞发生典型的细胞焦亡,提示小胶质细胞焦亡是松果体组织中细胞亚群变化的重要因素之一,在HIBD引起的松果体损伤中发挥重要作用。
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