无脊椎动物没有真正的抗体和获得性免疫系统,主要依靠先天性免疫系统来抵御外来病原微生物的侵害。酚氧化酶原激活系统(Prophenoloxidase activating system, pro-PO)是无脊椎动物先天免疫机制中具有重要作用的免疫系统。酚氧化酶原激活因子(prophenoloxidase activating factor, PPAF)和细胞黏附蛋白(Peroxinectin, PX)基因是酚氧化酶原激活系统中的两个重要因子,这些免疫相关因子是如何抵御病原微生物入侵,如何参与机体的免疫活动一直以来受到广泛关注,因此本研究通过RACE方法首次克隆了PPAF的cDNA全长(GenBank登录号JQ684529),及PX基因的部分序列,并对2个基因序列进行初步分析；通过半定量PCR分别对2个基因进行了不同组织的表达谱分析,研究结果如下：1.PPAF基因cDNA全长1986bp,其中含有一个1629bp开放阅读框(ORF),两翼分别存在21bp(5’端)和336bp(3’端)的非翻译区。该基因的开放阅读框共编码542个氨基酸,以SMART软件分析该氨基酸序列,269-517a区域是其功能域,是胰蛋白酶家族的丝氨酸蛋白酶；494-502a区域有一个ALPHA-2巨球型免疫蛋白功能位点；316-321a区域有一个组氨酸酶活性位点。进化树分析表明凡纳滨对虾PPAF基因与斑节对虾的同源性最高,与果蝇、蚊的同源性最低。通过半定量PCR分析发现该基因在正常对虾的心脏、肝胰腺、肠、胃和肌肉中的表达量没有差别,血液中的表达量明显高于其他组织；在感染IHHNV病毒的对虾的组织中的表达量下降明显,但是血液中的表达量仍明显高于其他组织。2.PX基因部分cDNA序列长度为1529bp,分析发现该序列含有1个1308bp的开放阅读框(ORF),3’端含有1个长度为221bp的非翻译区,开放阅读框共编码436个氨基酸。所获得的PX氨基酸序列理论等电点为4.64,分子量为48.86945KDa。经Signal P软件分析发现此氨基酸序列在72-86a区域有信号肽特征,82a是信号肽剪切位点的可能性最大。通过Motif Scan程序对其氨基酸序列进行分析,发现该氨基酸序列在其336-378a处有氧化物酶功能域；在172-179a处有一个八肽铜锚定位点；进化性分析表明PX序列与斑节对虾编码的氨基酸序列最高,与果蝇的相似度最低；半定量PCR分析发现该基因在正常对虾的血液中表达量最高,肝胰腺次之,在心脏、肠、胃和肌肉中的表达量没有差别,该基因在IHHNV病毒感染对虾的血液、心脏、肝胰腺、肠、胃和肌肉中的表达量下降明显,但在血液和肝胰腺中的表达量仍比其他组织要高。