国家重点学科建设制度是国家重点学科建设的依据与依托。国家重点学科建设制度化的过程是国家按照学科建设的内在规律和要求,对学科建设做系统的制度性安排,从而使学科良性发展的过程。从国家重点学科建设制度的发展历程来看,在我国建国初期建立的重点大学制度下形成的“重点”建设、“择优”建设思想和20世纪50年代的院系调整构建的高等教育基本框架及学科结构为国家重点学科建设制度的形成与发展做了前期铺垫。而始于1987年延续到2007年的三次国家重点学科评选则是国家重点学科建设制度建立、发展、完善的标志。由于国家重点学科建设制度首先是以国家政策的形式出现的,因此国家重点学科建设既是学科建设与发展的必然,更是国家学科建设制度设计与国家推行、实施的结果。作为一种国家政策,各个时期国家重点学科建设制度在指导思想与建设思路、评选条件与评选标准、评审模式与评审规则、管理体制与建设措施等方面的内容既保持了连续性和一贯性,又随着国家、高等教育、学科的发展而有所发展、提升。作为国家学科建设制度设计的结果,在国家重点学科建设制度的作用下,我国已经有一批学科和大学进入了世界一流学科、一流大学的行列。大部分国家重点学科不但承担了国家重大科研任务,还能够立足现有基础深入研究社会重大理论和实际问题。与此同时,国家重点学科制度也直接或间接的导致了我国大学学科结构分布的不合理,尤其在自然科学学科和人文科学学科的分布上；促成了金字塔形的高校生态结构；间接造成了高等教育资源地域分布不均的局面。要实现国家重点学科建设的最终目的,就要正视制度本身的弱点与不足,通过拓宽制度对国家重点学科的定义,建立准入、准退制度,改革评审制度,扩大制度规定的评选范围,完善制度内容等手段,一方面促使政府对国家重点学科的投资由“锦上添花”型向“雪中送炭”型转变,扩大有限资金的受众面,实现高等教育资源的强弱互补另一方面引入多方力量,共同投资、建设国家重点学科。