单细胞转录谱极大的促进了我们对细胞身份以及细胞状态转换的理解。过去十年,单细胞RNA测序技术被广泛的应用于鉴定细胞亚群或描绘细胞发育轨迹等研究之中。然而,大多数的单细胞转录组学研究主要停留在基因水平,只有极少数研究是针对转录本水平的。由于真核生物基因经过可变剪接会产生功能各异的转录本异构体,以基因为中心的研究可能会掩盖这些转录本异构体的功能。因此,以转录本异构体为中心的研究或许能更准确的表征细胞身份和描述细胞发育状态。在此,我们对小鼠造血干细胞发育过程中七个连续的细胞群体进行了覆盖全转录本长度的单细胞RNA测序,并构建了整个造血干细胞发育过程中的动态剪接图谱。此外,我们还识别了数百个可能影响造血干细胞造血形成的阶段特异转录本异构体,并采用单细胞纳米孔全长转录本测序验证了它们的表达。随后,体外敲低实验表明敲低部分造血特异转录本异构体确实会影响造血干细胞的形成能力。接下来,模体富集分析结合敲除实验发现RNA结合蛋白SRSF2可以通过调控Runx1和Myb等关键转录因子的可变剪接来影响内皮细胞向造血干细胞特化。此外,为了进一步探索RNA结合蛋白调控干细胞分化的作用,我们将生物信息学分析与功能筛选相结合,识别了七个可能潜在调控胚胎干细胞退出多能性的RNA结合蛋白。接下来,表达和可变剪接分析表明hnRNPLL可以促进胚胎干细胞多能性的退出。最后,进一步分析揭示hnRNPLL可通过调控Bptf和Tbx3这两个对维持胚胎干细胞多能性很重要的转录因子的可变剪接来调控胚胎干细胞退出多能性。同时,我们还从亚细胞水平探索了可变剪接在不同亚细胞位置中的动态分布规律。总之,我们使用高通量转录组测序数据构建了干细胞发育的动态剪接图谱,并识别了在干细胞发育过程中的阶段特征转录本异构体和可变剪接事件。结合体内、体外实验,我们成功识别并验证了特异性调节造血干细胞和胚胎干细胞发育的剪接因子。本研究从转录组水平重新定义了我们对干细胞,特别是造血干细胞发育的认识,并为干细胞的体外诱导以及干细胞治疗在再生医学中的应用提供了新的见解。