自改革开放四十多年以来,在“互联网+”、大数据以及人工智能的时代背景下,科技创新是发展战略中必不可少的环节,因此受到愈来愈多的关注,国家亦不断提高对科技创新的投入,加大政策与财政扶持的力度。与此同时,国家也在不断强化对科技创新项目的关注,推动科技创新项目的管理和革新,尤其科技创新项目标准、科技创新专项资金政策执行效果与资金使用不规范和效率低等情况特别重视,如科技创新项目的申请审核与评定程序是否科学、科技创新专项资金相关政策是否有效敦促科技创新发展、科技创新专项资金相关优惠政策是否符合科技创新战略指引方向、科技创新专项资金是否高效使用且专款专用等,有助于减少影响科技创新战略实施的阻碍。但是,科技创新专项资金绩效审计风险系数较大、周期较长等因素,有别于一般资金审计,因此政府审计人员针对科技创新专项资金绩效审计不仅需要对思想观念进行转化,还需要进一步改进、完善并创新绩效审计手段,提升绩效审计管理质量。除此之外,随着近几年国家经济的发展与财政职能的发挥,国家财政部门逐渐加大了对公共项目的扶持,因此对于财政专项资金绩效审计工作的开展,国家审计署和地方审计机关尤为重视。同时,本文所谈及的科技创新专项资金作为财政专项资金的组成部分之一,在对其开展绩效审计工作时仍存在不足之处,如难以探究科技创新专项资金使用效果以及绩效审计工作效率底下等问题。因此,有必要对科技创新专项资金开展绩效审计工作,明确科技创新专项资金绩效审计工作方案与计划并构建与完善绩效审计指标体系,促进科技创新专项资金绩效审计工作高效且高质量地完成。具体而言,首先,本文采用文献研究法,就财政专项资金绩效审计内容、绩效审计方式与指标体系等来自不同领域的国内与国外专家学者的文献以及科技创新专项资金绩效审计内容、科技创新专项资金绩效审计目标、科技创新专项资金绩效审计指标体系等,来自不同研究方向的国内学者的文献进行了梳理。其次,本文以受托经济责任理论、国家审计治理理论、可持续发展理论与新公共管理理论为基础,对科技创新专项资金绩效审计的相关概念进行了界定。然后,本文根据科技创新专项资金的现行办法、标准与科技创新专项资金绩效审计的组织要素、管理流程,对于当前科技创新专项资金绩效审计中存在的问题,进行了探索与分析。基于此,本文打算对科技创新专项资金指标体系构建、评价与运用方面做一点尝试,将绩效审计目标分解为各个指标,每个指标对应不同的绩效审计标准和内容,通过建立明确的绩效审计指标体系,结合科技创新专项资金实际情况进行指标权重的分配与评价并确定测评总分。最后,本文选取2018年—2020年A省科技创新项目作为研究对象,运用科技创新专项资金绩效审计指标体系对其展开绩效审计研究,并对A省科技创新专项资金绩效审计工作提出推进绩效审计的配套措施。本文的主要贡献对于实际科技创新专项资金绩效审计的开展有一定的参考价值,希望对科技创新专项资金绩效审计工作的发展有所贡献。