水是生命之源、生产之要、生态之基。水资源是人类赖以生存、经济社会赖以发展、地球生态赖以维系的重要基础性和战略性资源。江、河、湖是淡水资源的主要载体,保护好河湖健康就是保护好我们的水资源。长江是中华民族的母亲河、生命河,是长江经济带发展的重要纽带和基础支撑,管理保护好长江的重要性不言而喻。流域机构是专门为管理河流设立的综合性管理机构,其职能作用非常重要。作为流域机构的基层管理单元,基层流域机构职能发挥在水资源管理方面具有重要的地位。目前,我国基层流域机构职能发挥水平虽在逐步提高,但仍然存在不少问题,导致基层流域机构不能充分、恰当、高效地的发挥其职能。因此,本门专门针对基层流域机构职能发挥存在问题及原因进行分析研究,以探求解决对策。本文通过对一个基层流域机构实例的调查,参考已有文献研究,从基层流域机构职能发挥现状出发,提出基层流域机构职能发挥所存在的职能角色定位不清、与其他机构职能冲突、缺乏有效的执行权力、职能履行能力不足、社会参与严重不足等问题。深入分析产生困境的原因有基层流域机构角色规范不健全、法律制度建设滞后、行政管理体制不完善、缺乏有效的监督管理机制、落实水法规宣传不到位等。根据原因分析提出健全完善流域管理法制建设、完善基层流域机构管理制度、加强基层流域机构能力建设、加大宣传力度、强化基层流域机构监督管理等对策以解决当前职能发挥的困境。