我国步入经济新常态以来,经济发展方式已从粗放式发展向高品质发展转换,经济发展结构转型升级,创新也已代替人力、资本等传统生产要素成为我国第一发展力和核心驱动力,更成为了各城市、国家综合竞争力的重要标志。随着改革开放,各地区、各城市推动了我国经济的增长,也汇聚了众多科技创新资源,支持着我国创新体系的建设与完善。回顾历史,发现财税体制的改革与国家重大战略调整、社会经济发展动向都有着紧密关系,政府与经济发展、科技创新之间的内在作用力也一直是社会各界讨论的热点。原因在于我国是财政分权和政治集权的双重背景,1994年分税制改革后,中央将部分权利下放给地方,但主要是经济权利,政治层面上依旧是集权形式,由此我国中央、地方政府开始面临财权和事权不匹配的问题。而且中央决定了地方官员的政治晋升和绩效考核,面对“GDP增长机制”,地方政府在财政支出规模与支出结构上会做如何决策?随着创新驱动发展战略的深入落实,针对中央政府强调的外溢性较强、投资回报周期长且风险性较高的科技创新领域,地方政府又会做出如何反应?为了回答这些问题,厘清财政分权和区域创新之间的逻辑关系和影响机制,本文引入了地方财政科技支出,在已有的研究基础上,结合我国的实际情况,构建了相关模型来进行实证检验。首先本文具体阐述了财政分权、财政科技支出及区域创新所涉及到的相关理论以及理论影响机制;其次,对目前我国财政科技支出和创新水平进行现状分析,其中地方财政科技支出会从支出结构和规模上分别阐述,创新水平会从全国整体和国家级新区两个层面上具体展开。之后,本文基于1994—2020年间293个城市面板数据构建面板固定效应模型、分位数回归模型、中介效应模型等来检验财政分权和区域创新能力之间的影响关系,并通过多种方法进行稳健性检验,且从时间和空间双重角度进行异质性分析,其中在时间上分为2007年之前与2007年之后,在空间上分为八大综合经济区和六大国家级城市群。结果表明:（1）1994—2020年间,财政分权对全国区域创新能力有明显的抑制效应;（2）从边际效应上看,财政分权对区域创新能力的影响效应呈现由抑制转为促进的“J”型变化趋势;（3）从影响路径上看,全国范围内,财政分权会通过促进地方财政科技支出来间接促进区域创新能力;（4）财政分权对区域创新能力的影响存在时间异质性。2007年之前,财政分权既会直接抑制区域创新,也会通过降低地方财政科技支出来间接抑制区域创新,形成两条抑制路径;2007年之后,财政分权既会直接促进区域创新能力,也会通过促进地方财政科技支出来间接促进区域创新,形成两条促进路径;（5）财政分权对区域创新能力的影响存在明显的空间异质性。从地理位置层面上看,东北地区、西北地区、西南地区及黄河中游地区,财政分权均对区域创新能力具有直接抑制效应和间接性的促进效应,且整体均呈抑制效应;北部沿海地区:财政分权对区域创新有直接性的促进作用、间接性的抑制作用,整体呈促进效应;东部沿海、南部沿海地区内存在两条促进路径;长江中游内存在两条抑制路径。从国家级城市群发展角度上看,首都经济圈、成渝城市群内,财政分权会直接促进区域创新能力提升,也会提高地方财政科技支出间接抑制区域创新,整体呈促进效应;长江中游城市群内,财政分权会直接抑制区域创新能力,也会促进地方财政科技支出间接促进区域创新,且间接效应大于直接效应;粤港澳大湾区、长三角城市群内存在两条促进路径;中原城市群内存在两条抑制路径。