FOXC2基因C-512T多态性与2型糖尿病肠道菌群的相关性研究

来源 :昆明医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:liongliong488
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[目 的]探讨FOXC2基因C-512T多态性与2型糖尿病患者肠道菌群的相关性,分析三个基因型之间肠道微生物的丰度差异以及组成特点,探讨三个基因型之间肠道微生物群落的物种组成、群落的多样性以及进行功能预测,为2型糖尿病肠道菌群与遗传相关性的研究提供新的依据。[方 法]按照入组条件收集170例2型糖尿病患者临床资料,留取患者外周血及粪便标本,用DNA测序技术检测患者血液FOXC2基因C-512T多态性;根据检测所得基因型,最终选取120例2型糖尿病患者,分为三组,每个基因型CC、CT和TT各40例,16S rRNA基因测序分析患者粪便肠道菌群结构组成及功能预测。分析2型糖尿病FOXC2基因C-512T多态性与肠道菌群的相关性。[结 果]1.物种累积曲线图显示,本次研究的样本量已足够,可以进行数据分析,数据具有可靠性;2.三组样本稀释曲线趋于平缓,提示物种的测序数量已经足够,即使测序样品数量增加,也只会产生少量新的物种代表序列扩增子序列变异(Amplicon Sequence Variants,AS Vs)/操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs);3.三组样本共得到8328个不同的ASVs/OTUs,其中CC组有3787个,TT组有3979个,CT组有3419个,1018个ASVs/OTUs为3组共有。CT组与CC组及TT组相比较,ASVs/OTUs数量最少。TT组ASVs/OTUs数量最多。三组样本中,肠道菌群的分布有差异;4.香农指数曲线、等级丰度曲线提示,CT组ASVs/OTUs数量较CC组及TT组少,物种丰富度与另外两组相比显著减少。TT组的ASVs/OTUs数量最多,物种最丰富;5.三组样本在Alpha多样性4个指数的比较上,差异无统计学意义(P>0.05);6.三组样本Beta多样性分析,结果提示CC组和CT组两组间物种丰富度差异有统计学意义(P=0.006078,P<0.05),两组间物种群落组成有显著差异;7.Anosim分析检验三组间差异是否显著大于组内差异,结果提示CC、TT、CT三组组间差异大于组内差异(R=0.02203,P=0.035,P<0.05),差异具有统计学意义,三组间肠道菌群的多样性整体上差异显著;8.CC、TT、CT三组样本在门水平上主导的优势菌群为:Firmicutes(厚壁菌门)、Actinobacteriota(放线菌门)、Proteobacteria(变形菌门);CC组、TT组、CT组在厚壁菌门水平上菌群数量差异不明显,在放线菌门水平上,TT组菌群ASVs/OTUs数量明显低于另外两组,而在变形菌门水平上TT组菌群ASVs/OTUs数量高于另外两组。在纲水平上主导三组样品的优势菌群为:Clostridia(产毒梭状芽胞杆菌)、Actinobacteria(放线菌)、Bacilli(革兰阴性杆菌);在产毒梭状芽胞杆菌水平上,CT组菌群ASVs/OTUs数量低于CC组和TT组,而在放线菌水平上,CT组菌群ASVs/OTUs数量高于CC组和TT组,在革兰阴性杆菌水平上,CT组菌群ASVs/OTUs数量高于CC组和TT组。在目水平上主导的优势菌群为:Lachnospiraley(毛螺菌目)、Bifidobacteriales(双歧杆菌)、Oscillospirales(颤螺菌属);在毛螺菌目水平上,三组菌群ASVs/OTUs数量差异不明显,在双歧杆菌水平上,菌群ASVs/OTUs数量最多为CT组,其次为CC组,最少的是TT组,在颤螺菌水平上CC组和TT组差异不明显,CT组菌群ASVs/OTUs数量最少。在科水平上主导的优势菌群为:Lachnospiraceae(毛螺菌科)、Bifidobacteriaceae(双歧杆菌科)、Ruminococcaceae(瘤胃球菌科);在毛螺菌科水平上,三组菌群ASVs/OTUs数量差异不明显,在双歧杆菌科水平上,CT组菌群ASVs/OTUs数量明显高于CC组、TT组,而在瘤胃球菌科水平上,CT组菌群ASVs/OTUs数量又明显低于另外两组。在属水平上主导的优势菌群为:Bifidobacterium(双歧杆菌属)、Blautia(Blautia 属)、Subdoligranulum(卵形拟杆菌);在双歧杆菌属、卵形拟杆菌水平上,三组菌群ASVs/OTUs数量差异不明显,在Blautia属水平上,CT组菌群ASVs/OTUs数量高于另外两组。在种水平上主导的优势菌群为:Bifidobacteriumlongum(长双歧杆菌)、Unculturedbacterium(未培养分离菌)、Streptococcussalivarius(唾液链球菌);三组在优势菌群上物种数量差异不明显;9.物种差异进化分支图上,在纲、目、科、属水平上,Coriobacteriia(球菌)、Clostridiales(梭状芽孢杆菌)、Clostridiaceae(梭状芽孢杆菌科)、Collinsella(柯林氏菌)分别在CC组和TT组两组样本间具有显著物种差异,CC组菌群ASVs/OTUs数量高于TT组;10.物种功能预测中,KEGG数据库一级通路功能有细胞过程、环境信息过程、基因信息过程、人类疾病、代谢组学、有机系统,共6种,三组样本中占优势的均为代谢组学,但是三组样品在一级通路上功能无差异。KEGG数据库二级通路功能有碳水化合物代谢、氨基酸代谢、脂质代谢、能量代谢、多聚糖的生物合成和代谢、辅助因子和维生素代谢、萜类和波尔卡酮代谢、翻译、复制和修复等,三组样品在二级通路功能上无明显差异。[结 论]1.2型糖尿病FOXC2基因C-512T多态性与肠道菌群结构丰度有关联;2.2型糖尿病肠道菌群分布具有相同的优势菌群;3.FOXC2基因C-512T多态性分组中,在球菌、梭状芽孢杆菌、梭状芽孢杆菌科、柯林氏菌四个菌群上,CC组菌群ASVs/OTUs数量高于TT组;4.三组样本在KEGG一、二级功能通路上无明显差异。
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