【摘 要】
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目的:探讨微小核糖核酸（microRNA）与视神经脊髓炎谱系疾病的关联。方法:本项目纳入NMOSD患者及健康对照者,进行血清RNA抽提,经RNA质量检验合格及质控过滤后,采用二代测序技术对血清miRNA进行测序,将测序结果reads比对到miRBase,利用DESeq包进行差异表达分析,计算microRNA（miRNA）在实验组及对照组间的差异表达情况,得到差异表达的miRNA,采用基于R语言的m
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目的:探讨微小核糖核酸（microRNA）与视神经脊髓炎谱系疾病的关联。方法:本项目纳入NMOSD患者及健康对照者,进行血清RNA抽提,经RNA质量检验合格及质控过滤后,采用二代测序技术对血清miRNA进行测序,将测序结果reads比对到miRBase,利用DESeq包进行差异表达分析,计算microRNA（miRNA）在实验组及对照组间的差异表达情况,得到差异表达的miRNA,采用基于R语言的multimiR包来检索文献报道的有实验证据支持的miRNA靶基因（validated）及预测miRNA靶基因（predicted）,并分别对其靶基因进行基因本体论富集分析和京都基因和基因组百科通路分析。结果:1.本项目共纳入6名NMOSD患者及6名健康对照者,患者与健康对照组相比,经过差异表达分析,共筛选出99个差异表达miRNA。其中59个miRNA相较于健康对照组表达上调,40个miRNA相较于健康对照组表达下调。2.在表达上调的miRNA中,hsa-miR-3614-5p、hsa-miR-4732-3p、hsamiR-483-3p、hsa-miR-484、hsa-miR-6087、hsa-miR-1224-3p以及在表达下调的miRNA中,hsa-miR-584-5p、hsa-miR-146a-5p、hsa-miR-151a-3p已被报道与自身免疫疾病相关。3.GO分析结果中,差异表达miRNA对应已知的靶基因在生物学过程层面,mRNA分解代谢过程、RNA分解代谢过程、组蛋白修饰、病毒基因表达、核转录mRNA的分解代谢过程、内膜系统形成这6个条目显著富集（P值＜0.05）;在细胞组成层面,细胞底物连接、焦点粘附、细胞底物粘附体连接这3个条目显著富集;在分子功能层面,钙粘蛋白结合、细胞粘附分子结合这2个条目显著富集。差异表达miRNA对应预测的靶基因在生物学过程层面,管形态形成这一条目显著富集（P值＜0.05）;在细胞组成层面,树突、细胞前缘这2个条目显著富集;在分子功能层面,转录因子活性,RNA聚合酶II核心启动子近端区序列特异性结合这一条目显著富集。4.KEGG通路注释分析结果中,我们发现差异表达miRNA对应到2968个已知靶基因和338个相关的生物信息学通路,其中有84个通路显著富集（P值＜0.05）,其中MAPK信号通路、FoxO信号通路、自噬、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、Rap1信号通路这6个通路与免疫相关。差异表达miRNA对应到6427个预测靶基因和341个相关的生物信息学通路,其中有124个通路显著富集（P值＜0.05）,其中PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路、Rap1信号通路、自噬、TNF信号通路、Th1和Th2细胞的分化、T细胞受体信号通路这8个通路与免疫相关。5.对于已知靶基因预测出的免疫通路而言,43种基因与6种通路均相关。对于预测靶基因预测出的免疫通路而言,29种基因与8种通路均相关。其中MAPK通路与差异表达基因关联最大。结论:1.NMOSD患者与健康对照组相比,血清中存在多个差异表达的miRNA。2.hsa-miR-1224-3p、hsa-miR-3614-5p、hsa-miR-483-3p等多个miRNA可能通过MAPK信号通路等多种免疫机制影响NMOSD的发生。
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