为了获得番茄短节间的遗传规律及调控基因,本研究以长节间DH和短节间CH为亲本,同时构建6个世代群体（P₁、P₂、F₁、B₁、B₂、F₂）,分别对苗期、结果期两个番茄品系主要形态和生理生化进行调查及测定,利用主基因+多基因分析番茄节间长度遗传规律;对苗期的两个番茄品系进行转录组分析,筛选可能调控番茄节间长度的基因。研究结果如下:（1）在苗期,两个番茄品系DH、CH的平均节间长度的值分别为2.62cm、1.86cm;可溶性糖含量分别为0.07%、0.05%;POD的均值分别为47.36U/g.min、9.60U/g.min;SOD均值分别为4.61U/g.min、4.48U/g.min;苗期两个番茄品系的平均节间长度、可溶性糖含量、POD、SOD之间均差异极显著。通过相关性分析,番茄苗期的平均节间长度与单株产量的相关系数为-0.727;番茄的平均节间长度与株高的相关系数为-0.465。（2）在结果期,两个番茄品系DH、CH的平均节间长度的值分别为7.78cm、6.17cm;单株产量分别为2049.81g、2679.90g;可溶性糖含量分别为0.12%、0.23%;POD的均值分别为2.93U/g.min、2.71U/g.min;SOD均值分别为3235.18U/g.min、1170.00U/g.min,结果期两个番茄品系的平均节间长度、单株产量、可溶性糖含量、POD、SOD之间均差异极显著。通过相关分析,番茄结果期的平均节间长度与单株产量的相关系数为-0.959;番茄结果期的平均节间长度与株高的相关系数为-0.363。（3）在苗期、结果期,两个番茄品系DH、CH的六个世代群体的节间长度的遗传模型均为两对加性-显性上位性主基因+加性显性上位性多基因。在苗期,番茄B₁节间长度的主基因遗传率为100%;番茄B₂节间长度的主基因遗传率为20.72%;番茄F₂节间长度的主基因遗传率为62.52%;番茄苗期节间长度的多基因遗传率均为0%。在结果期,番茄B₁节间长度的主基因遗传率为38.72%;番茄B₂节间长度的主基因遗传率为1.21%;番茄F₂节间长度的主基因遗传率为22.5%;番茄B₁节间长度的多基因遗传率为0%;番茄B₂节间长度的多基因遗传率为44.72%;番茄F₂节间长度的多基因遗传率为21.88%。苗期番茄B₁、B₂、F₂节间长度的主基因遗传率值均大于结果期节间长度的主基因遗传率。（4）将两个番茄品系进行差异基因筛选,显著差异表达的基因共有1690个,其中上调基因637个,下调基因1053个。从上下调基因中筛选16个与植物激素相关的基因。从丙酮酸代谢途径中筛选出调控节间长度相关的基因是苹果酸脱氢酶、磷酸烯醇丙酮酸羧化酶4、丙酮酸激酶同工酶A、乙酰辅酶a羧化酶1。从糖酵解途径中筛选4个调控节间长度相关的基因,分别为果糖1,6-双磷酸酶、丙酮酸脱羧酶1、L-乳酸脱氢酶、磷酸三糖异构酶。同时筛选出调控节间发育的转录因子是MYB、WRKY、TCP、bHLH、NAC等转录因子,作为候选基因。