随着我国经济不断发展,科技创新在我国社会发展中的地位不断提高,当前财政科研经费管理中仍然存在一定程度的管理分散、政策分散、监管分散等阻碍科研活动和科研发展的问题亟待解决。本文以财政科研项目资金为研究对象,以上海地区当前财政科研项目资金管理现状为例,采取文献研究法、案例法、比较分析法、调研访谈法等方法探究我国财政科研资金管理体制机制的改革路径。本文首先全面分析阐述了自建国以来科研经费管理经历了计划经济下的统一管理、改革开放后的包干制、市场经济体制下的课题全面预算制,以及在“科研放管服”背景下由全面预算向包干制发展等四个阶段。指出当前科研资金管理政策改革虽已获突破并取得一定成效,但管理“碎片化”问题仍未得到根本解决、政策“打补丁”现象仍较为突出;科研人员人财物自主支配权不断扩大,但“头痛医头”问题有所显现。其次,从当前财政科研资金管理存在的问题入手,研究当前财政科研经费使用在体制机制上存在管理分散、政策分散、监管分散的碎片化问题。一是多头管理。按照科研经费来源的不同渠道,经初步梳理,对中央科研经费有主导管理权的部门除财政部外多达7个,如科技部、教育部、发改委、中科院、国家自然科学基金委员会、全国哲学社会科学规划办公室、全国教育科学规划办公室等,再加地方相关部门如财政局、科委、教委也是地方科研资金的管理部门。二是政出多门。不同的管理部门,按照自身管理职责和要求,均会制定各自相应的科研项目经费办法,由于资金来源不同,各部门管理重点、管理要求、管理目标会不尽相同,有些甚至互相矛盾,导致科研机构难以适应和有效执行。三是多头监管。经初步梳理,对中央科研项目经费能实施监管的部门或机构多达11个,如财政部、审计署、监察部门、发改委、科技部、教育部、自然科学基金委、全国社科规划办、省（区、市）社科规划办、主管部门委托的专业机构、主管部门委托的中介机构、全国教科规划办等等。由于对政策理解不同、监管目的不同,科研机构和科研人员面对不同部门或机构的监管有时无所适从。同时,本文探讨科研项目从预算编制申报、经费执行、项目管理等多个方面存在的繁琐复杂对科研人员激发科研活力的影响,以及科研诚信意识不强和违规惩罚不足等问题对科研发展带来的影响,并深刻分析上述问题产生的原因。第三,通过对于美国科研经费管理制度的研究,分析了联邦政府的科研经费投入的模式、经费管理机制从政出多门到政策统一的发展过程、经费执行和配套服务支持等内容,从而得出对我国科研经费管理须从顶层设计的高度来完善制度、改进政策的启示。最后,针对当前我国财政科研资金管理中存在的问题,借鉴发达国家政府科研经费管理机制以及我国财政科研资金政策改革现状和发展趋势,研究得出要真正形成充满活力的财政科研资金管理和运行机制,更好激发广大科研人员科研创新积极性,我们必须要形成具有我国特色、特点的系统性、整体性、一致性的财政科研经费管理制度和政策的结论。鉴于财政科研经费管理政策涉及的面极广,内容繁复,管理要求高等特点,宜选择相对合适的地区进行先行先试改革,待改革政策成熟、效果显著后进行复制推广实行。本文的创新之处在于,通过全面系统分析当前财政科研资金管理中存在的各类阻碍推动科研发展及促进科研创新的体制机制问题,创新性提出我国必须要建立一套完整的、权威的、统一的财政科研资金管理政策,并建议在既具备有较为集中的国家科研院所、有较多的国家高精尖科研人员、有较为完善的科研设施以及较好的科研环境,又有中央赋予改革先行先试任务的上海全面试点实施科研项目资金管理体制机制改革,通过摸索路径、总结经验,最后复制全国。