海洋是人类赖以生存和持续发展的基础，是生命的摇篮、资源的宝库，对人类有着重要的作用。海洋资源虽然丰富，可是与其他自然资源一样，不是取之不尽用之不竭的。近年来随着社会的发展经济的进步，人类对于海洋资源开采量逐渐增多、开采方式也凸显出多样化，进而出现了诸如过度捕捞等破坏海洋生态环境的现象。面对这一现状，有必要建立海洋综合管理制度，对海洋资源市场进行有效地监督和管理。1993年5月，国家海洋局和财政部颁布了《国家海域使用管理暂行规定》，确定了海域所有权归国家所有，提出了海域使用权的概念，并确立了海域使用许可证和有偿使用制度。2001年通过的《中华人民共和国海域使用管理法》初步建立了我国海域物权制度的框架。2007年3月通过的《中华人民共和国物权法》，在所有权一编中确立了国家对海域的所有权，在用益物权一编中规定了海域使用权，正式确立了海域物权制度。本文拟从自然资源法和民事物权角度对海域使用权的基础理论进行探讨，并在此基础之上，在海域使用权流转制度及海域使用权保证金制度上提出了创新性建议，以为我国将来制定有关的法律法规奠定理论基础，并为在理论上更深入地研究海域使用权起到抛砖引玉的作用。第一部分阐述了海域使用权的基本问题，包括海域使用权的概念、特征和性质。对海域使用权的性质主要从其私权性、物权性和用益物权性三方面进行分析。第二部分是文章的主要内容，通过对我国《海域使用管理法》的深入研究，总结出海域使用权的几个重要制度，并对其进行分析。第三部分是对国外海域使用制度的考察，分别从立法概况入手，结合该国具体国情，主要分析了美国和日本的海域使用制度，并总结出两国海域使用制度的特点，提出几点值得我国借鉴的地方。第四部分阐述了我国海域使用权制度完善，分别从我国海域使用权的取得方式，海域有偿使用制度和海域保证金制度等方面提出相关建议。