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线粒体基因组因结构组成保守且相对稳定、母系遗传、通用引物丰富易扩增等特点，被越来越多的应用到昆虫的分子系统学、谱系生物地理学、种群遗传学等领域的研究中。鳞翅目昆虫的线粒体基因组的结构相对稳定，目前仅发现一个tRNAMet基因的重排普遍存在于双孔类Ditrysia昆虫中。线粒体全基因组在膜翅目、双翅目、鞘翅目等多个类群高级阶元系统发育研究中得到广泛应用并取得了突出的结果。鳞翅目虽然是目前已发表线粒体基因组数量最多的类群，但是在系统发育研究中的相关应用较少，因此对线粒体全基因组在鳞翅目系统发育研究中进行比较和应用分析具有非常重要的意义。 夜蛾总科是鳞翅目最大的总科，但是该总科已发表的线粒体基因组数量相对较少（目前仅知8种），本研究对夜蛾总科内高级阶元系统发育关系存在争议的类群进行针对性的取样，对线粒体基因组进行测序，结合已发表的夜蛾总科的线粒体基因组数据，对夜蛾总科高级阶元的系统发育关系进行了探讨。同时结合GenBank中所有已发表的鳞翅目昆虫线粒体基因组数据，对线粒体基因组在鳞翅目系统发育研究中的应用进行了比较分析。主要研究结果如下: 1.测定了夜蛾总科7种，尺蛾总科1种以及蝙蝠蛾总科1种共9种鳞翅目昆虫线粒体基因组。所有鳞翅目昆虫的线粒体基因组均含有13个蛋白编码基因，2个rRNA基因和22个tRNA基因，未发现基因缺失的情况。 2.鳞翅目线粒体基因组中密码子使用偏好性表现为高AT含量的密码子使用频率更高，高GC含量使用频率低，与鳞翅目蛋白编码基因以及线粒体基因组的AT偏向性直接相关。 3.鳞翅目线粒体基因组中，推测ATP8和ATP6之间的基因重叠为祖征;tRNATrp和tRNACys之间的基因重叠，COX1基因的CGA起始密码子，以及COX2的单个T终止密码子为鳞翅目线粒体基因组的衍征;tRNAMet基因重排，ND2与COX1之间的基因间隔，以及控制区中ATAGA(A)(T)n的motif结构为双孔类Ditrysia的衍征。 4.在鳞翅目及夜蛾总科中，ATP8基因的进化速率最快，COX1基因的进化速率最慢，脱氢酶亚基(ND)基因进化速率明显快于细胞色素氧化酶(COX)基因和细胞色素b(CYTB)基因，鳞翅目中ND基因的进化速率表现出比较高的一致性，而在夜蛾总科中差异明显。 5.对鳞翅目昆虫线粒体基因组的控制区进行比较研究后发现，双孔类Ditrysia物种的控制区中均包含保守的ATAGA(A) Tn启动识别元件，而原始种类中保守motif为TATTA(A)TCTn。另外这两类的控制区又可再分为包含重复区域和不含重复区域两种类型，分析表明鳞翅目昆虫控制区的简化是一个进化的特征。 6.基于线粒体全基因组数据获得的夜蛾总科系统发育关系支持最新的夜蛾总科六科系统，同时得到了支持很好的科级阶元系统发育关系:（舟蛾科+（裳蛾科+（瘤蛾科+（尾夜蛾科+夜蛾科））））。 7.本研究对线粒体基因组在鳞翅目昆虫系统发育研究中比较分析的结果为:系统发育分析方法BI＞ML＞MP;比对方法MAFFT＞Muscle＞ClustalW;单独的蛋白编码基因数据矩阵获得的系统发育结果整体优于其他组合。 8.Gblocks软件可以在最大限度保留比对序列中有效信息的同时，屏蔽其中可能存在的人为因素误差，以及比对结果较差的区域，有效的提升数据矩阵的信噪比，同时相比手工校正节省大量时间，适合系统发育研究中大数据集矩阵的处理。 9.本研究支持弄蝶科属于凤蝶总科，得到的基于线粒体基因组数据的凤蝶总科内各科级阶元的系统发育关系为（凤蝶科+（弄蝶科+（灰蝶科+（粉蝶科+蛱蝶科））））。 10.对鳞翅目的起源分化时间的分析显示，双孔类中各总科的分化时间在早白垩纪至晚白垩纪初期，凤蝶总科的科级阶元的分化在晚白垩纪，而夜蛾总科的分化主要集中在晚白垩纪的晚期。