现阶段高新技术企业是国家重点扶持对象,持续推进科技创新与技术成果向核心知识产权的转化,在我国境内注册超过一年（除港、澳、台地区）的常驻企业,在我国经济结构转型中有着不可或缺的地位,高新技术企业不仅享有国家补贴和减免10%企业所得税税收优惠,还可以得到招投标业务以及地方政府相关政策的支持,近些年国家对《高新技术企业认定管理办法》进行了修改,成为高新技术企业的门槛有所放宽,越来越多的居民企业想要成为高新技术企业,近些年每年新增的高新技术企业超过20%。高新技术企业因其特殊性在具有高市场竞争能力的同时也具有很高的经营风险,因此也具有较高的审计风险,近些年来资本市场中高新技术企业的审计失败层出不穷,如绿大地、金亚科技、索菱股份等,因此审计从业人员需在审计过程中对该类企业审计风险有更充分的认识,设计充分有效的审计程序以提高审计质量。本论文的研究以案例分析为主,结合文献资料进行探讨。本文通过对国内外有关审计风险和高新技术企业的审计现状的文献综述,将其划分为“重大错报风险”和“检查风险”两种类型,并探讨了相应的对策。本文结合最近受到中国证券监督管理委员会顶格处罚的瑞华会计师事务所审计索菱股份失败的案例,对索菱股份的审计风险进行了分析,并对其审计风险提出应对方案。经分析索菱股份在报表层面重大错报风险为市场环境和行业竞争风险、内部控制风险及其发展战略变革风险;在认定层面的重大错报风险为营业收入、关联方交易、应收款项及其研发费用等风险。检查风险关键来自于审计程序实施不充分、审计人员缺乏应有的职业怀疑、审计独立性不足以及事务所项目质量控制问题等。笔者基于以上风险,提出相应应对措施。本论文创新点在于对高新技术企业这一细分公司类型开展分析,结合现代风险导向审计模型,指明我国同类别公司在以后的审计全过程中要特别注意的许多问题,与此同时对会计师事务所提出建议,兼顾广泛性和参考性。本论文存在的不足为:因为笔者的能力限制再加上高新技术企业专业能力较强,这篇文章缺少深入和完整的实践步骤,作者将会在以后的实践中加以强化。