【摘 要】
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种质资源是关系国家安全的战略资源,地方猪作为非可再生的重要遗传资源是我们打好种业翻身仗的利器,开展畜禽资源普查和保护工作是筑牢种业振兴的基础。伍隍猪是产于我国四川省资阳市雁江区地方品种,以品种肉质鲜美、体型较大等优良特性闻名,但是由于保种起步较晚伍隍猪群体数量急剧下降,伍隍猪的保护已到了迫在眉睫的地步。此外,伍隍猪所属产区与内江猪主要产区相邻近,二者间均属大体型优秀地方品种,所以关于伍隍猪与内江猪
【基金项目】
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主要畜禽种质资源研究与公共服务（四川省十四五育种攻关项目）（项目编号:2021YFYZ0007）；
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种质资源是关系国家安全的战略资源,地方猪作为非可再生的重要遗传资源是我们打好种业翻身仗的利器,开展畜禽资源普查和保护工作是筑牢种业振兴的基础。伍隍猪是产于我国四川省资阳市雁江区地方品种,以品种肉质鲜美、体型较大等优良特性闻名,但是由于保种起步较晚伍隍猪群体数量急剧下降,伍隍猪的保护已到了迫在眉睫的地步。此外,伍隍猪所属产区与内江猪主要产区相邻近,二者间均属大体型优秀地方品种,所以关于伍隍猪与内江猪之间的关系一直存在争议。本研究利用SNP基因芯片,对伍隍猪保种群内总计131头猪只、内江猪保种群内总计156头猪只以及16头约克夏猪进行了全基因组SNP分型,同时对两个群体群体遗传多样性、遗传距离、遗传结构变化、遗传进化关系以及两群体基因组层面变化的研究分析,进而对伍隍猪种质资源进行鉴定分析。结果如下:1.伍隍猪与内江猪在体高、体长、嘴长、嘴斜长上差异显著（P＜0.05）,而且伍隍猪无论是经产母猪还是初产母猪繁殖性能均要显著高于内江猪（P＜0.05）。2.通过SNP芯片数据分析发现,两个品种群体间的亲缘关系较远。伍隍猪保种群的多态性标记比例（0.6419）大于内江猪保种群（0.5060）;但是两个群体的期望杂合度（He）都低于其观察杂合度（Ho）;伍隍猪LD衰减最快,其次为内江猪,约克夏猪衰减速度最慢;伍隍猪与内江猪在前219世代有效群体大小（Ne）分别为为390头与452头;在前3世代时Ne分别衰减至22头与15头。3.伍隍猪、内江猪、约克夏猪芯片数据主成分分析结果显示伍隍猪、内江猪与约克夏猪被明显区分开来,祖源分析结果中显示约克夏猪成分较单纯,其次为内江猪,能观察到少量伍隍猪成分,伍隍猪则出现了一定程度的血缘混杂情况。4.伍隍猪与内江猪品种内遗传距离小于品种间的遗传距离,且种间差异明显。NJ树结果显示约克夏猪形成了一个单独的集群,而大部分四川本地猪聚集在一起形成了另一个大群二者差异明显。NJ树的聚类结果与基于FST计算生成的树形图结果相符。5.利用个体间的两两IBS值构建了伍隍猪和内江猪的所有个体的NJ系统发育树。在NJ树中,两个猪品种的均含10个家系。内江猪的所有家系所有家系中至少有1头公猪。伍隍猪6个家系有至少1头及以上公猪,其余4个家系没有公猪。6.基于IBS与G矩阵亲缘关系分析结果表明两个保种群体中局部群体中存在个体间亲缘关系较近的情况,说明群体内部可能已经发生了一定程度的近交。7.伍隍猪和内江猪群体中分别检测到4282个、4652个长纯和片段（ROH）,其长度主要集中在0-4Mb以内。伍隍猪与内江猪FROH平均值分别为0.0755±0.0508、0.0588±0.0178。伍隍猪、内江猪分别有6个、19个高频ROH区域,注释到10个、63个基因猪再与猪QTL数据库进行比对,得到伍隍猪候选功能基因CA3,内江猪候选功能基因CRACD、JADE1、INTU、BBS7和SYNPO2。8.两群体平均FST值为0.1237说明两个群体出现了中等程度的分化。结果表明,伍隍猪与内江猪相比不同染色体所受到选择压力不同。差异基因进行GO和KEGG功能富集分析。发现差异位点主要涉及肌肉发育过程以及离子转运和稳态等生物过程此外差异位点还涉及多种活性功能及物质结合的分子功能。综上,在对伍隍猪和内江猪保种群繁殖数据、体型外貌以及分子水平的群体遗传结构研究,结果表明伍隍猪是有别于内江猪的一个独立群体。而且,通过本项研究还为伍隍猪后续保种工作顺利进行打下基础。
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