2020年新冠疫情的爆发给世界造成了沉重打击,以妨害传染病防治罪定罪处罚的案件的增多,司法实践中如何正确适用本罪显得尤为重要。妨害传染病防治罪以“违反传染病防治法的规定”为前置性规定,此处所指应理解为传染病防治体系中所有相关的法律、行政法规与部门规章、司法解释。2020年颁布的《刑法修正案（十一）》在本罪原有的基础上增加了一种行为。在此次疫情防控中,行为人的行为多属于“拒绝执行传染病预防、控制措施”的行为。此外,“传染病防治法的规定”与五种行为之间应为限定关系,即行为人的违法行为限定于“传染病防治法的规定”。妨害传染病防治罪的结果即包括“引起传染病传播”的实害结果,也包括“有传播严重危险”的危险结果。我国将本罪实害结果与危险结果适用同一量刑标准并无不妥,但应将二者予以区分。“引起传染病传播”的认定标准为判断是否造成他人感染,在司法实践中较易判断因此争议不大;而“有传播严重危险”的认定则需要法官在坚持一般人标准与行为人标准相结合的基础上结合危害行为的实行程度、行为属性、具体因素作出合理判断。在司法实践中,本罪常与以危险方法危害公共安全罪难以区分,两罪本质的区别在于“公共安全危险”除需要行为人实施妨害行为外还要求存在加害行为。传统因果关系在妨害传染病防治罪中难以适用,传统因果关系的认定以已掌握的科学经验为依据对因果关系进行认定,而传染病具有隐蔽性、不确定性、多因性,导致在对因果关系确定的过程中单以已掌握的医学生物技术难以判断。在此背景下引入依赖于分析统计观察的疫学因果关系理论则具有妥当性。对于被害人为不特定多数的案件,可以依据疫学因果关系的四种具体判断规则对因果关系进行判断;对于被害人为特定人的案件,可以借助“密室犯罪原理”进行判断。目前刑法学界对于妨害传染病的主观罪过主要存在的三种不同学说,分别为“主观过失说”、“主观故意说”、“主观混合说”。“主观过失说”是我国刑法学界当前的通说观点,该观点认为行为人对其行为性质明知但对结果的发生存在过失;“主观故意说”认为行为人对其违法行为与其行为可能造成的结果是明知的,主观应为故意;“主观混合说”认为行为人对自己的行为存在主观故意,对结果存在主观过失。妨害传染病防治罪的主观应为故意,通常国家面对传染病的爆发都会出台应急政策并告知人民所应负的义务与违反后果,行为人对其违反防控措施行为以及行为所引起的后果具有清晰认知。