随着改革开放的全面深化,我国经济体制改革步伐加快,经济建设水平提高,促进了财政收入的大幅增加。行政事业单位具有行政职能、拥有财政资金的收入分配权和行政管理权,在运行的过程中存在着内部机构设置不健全、资金使用不规范、权力寻租等现象,加强制衡和监督、建立科学完善的内部控制评价体系迫在眉睫。然而,我国学术界对于行政事业单位内部控制的研究起步较晚、研究成果较少,行政事业单位评价体系的构建主要以企业内部控制经验和国外内部控制经验为基础,与我国实际国情存在出入,无法有针对性的建立行政事业单位全方位内部控制体系,不利于发现行政事业单位内部控制体系的薄弱环节。本文选取X检验所为案例单位,结合其单位性质、机构运行情况和实际业务开展情况,发现案例单位内部控制存在的漏洞与不足,有针对性的提出完善和改进建议,对提升财政资金使用效率、防范贪污腐败风险、提高社会公共服务能力具有重要意义。本文采用文献研究法、问卷调查法、层次分析法、模糊综合评价法等研究方法,首先,分别介绍内部控制、行政事业单位概念,阐述行政事业单位内部控制目标、原则及方法。其次,对案例单位基本情况和内部控制现状进行深入剖析,在《行政事业单位内部控制规范》基础上,结合案例单位组织架构、管理现状和业务工作情况,因地制宜构建内部控制评价体系,在以往对单位层面和业务层面进行内部控制评价基础上,把该单位实验室内部控制也作为内部控制评价体系设计及研究的一个重要方面,论文共选取42个指标,运用AHP-FCE模型进行定性分析和定量计算,对该单位内部控制状况进行测评与分析。根据评价结果发现X检验所内部控制存在着内部监督机制不健全、预算执行差异率较大、项目支出控制不足、实验室层业务岗位培训不足、定期审核机制存在漏洞等问题。最后,针对评价分析发现的问题,分别对单位层面、业务层面和实验室层面的内部控制现状提出科学合理的改进措施,如强化领导小组作用、加强内部监督、严格把控项目支出、加强实验室质量结果控制等。论文首次把实验室层面内部控制纳入行政事业单位内部控制评价体系范围,本文研究有助于提高X检验所内部控制水平,也为其他行政事业单位内部控制评价体系构建拓宽思路和方法,在一定程度上为提升行政事业单位内部管理能力和管理水平、有效防范化解挪用专项资金、财政拨款浪费等重大经济风险提供帮助。