中药材采后加工在中药药性的形成和品质的提升方面具有重要作用。大黄为蓼科多年生草本药用植物掌叶大黄（Rheum palmatum L.）、唐古特大黄（Rheum tanguticum Maxim,ex Balf）.或药用大黄（Rheum officinale Baill.）的干燥根和根茎,甘肃礼县为“中国大黄之乡”,当地在大黄采收后需要采用独特的“烟熏干燥”加工工艺。前期研究发现烟熏干燥可以显著提高大黄药材品质,但是对烟熏干燥促进大黄次生代谢物产物积累的机制尚不明确。本研究采用网络药理学方法对大黄活性成分进行了筛选,选择16种关键成分构建了适用于大黄的HPLC-PDA多成分定量分析方法。通过对不同烟熏浓度干燥大黄品质和有效成分组织分布规律的研究,探明了大黄最佳烟熏条件和有效成分的组织分布部位。对大黄烟熏过程中有效成分变化动态进行了研究,明确了大黄干燥过程中活性成分变化规律,并选择其活性成分合成的关键时期进行转录组学和蛋白组学分析,从基因和蛋白层面揭示了烟熏干燥促进大黄有效成分积累的科学内涵。本研究为大黄现代干燥方法的开发提供了理论依据。主要结果如下:1.采用网络药理学方法从大黄化学成分中筛选得到了31个关键化学成分与其相关的13个关键靶点及9条疾病相关通路。从23种核心化学成分中挑选了16种化学成分进行多成分定量分析。构建了一种可以同时测定大黄中16种有效成分的HPLC-PDA方法,为大黄品质的综合评价提供了参考。2.不同浓度烟熏干燥对大黄品质具有显著影响,具体表现为:低浓度烟熏促进大黄中有效成分的积累,高浓度烟熏抑制有效成分的积累。通过对新鲜大黄、阴干大黄、烟熏大黄进行显微组织染色和多成分定量分析,发现皮层、次生韧皮部、次生木质部是大黄中有效成分分布的主要部位。将新鲜大黄、阴干大黄、烟熏大黄各部位含量对比发现次生韧皮部和次生木质部是大黄干燥过程中活性成分转化合成的主要部位。3.烟熏干燥和阴干过程中大黄有效成分和抗氧化酶活性均表现出先增高后下降的趋势。结合HCA和PLS-DA分析,将大黄整个干燥过程中有效成分积累过程分为三个阶段,即第一阶段:有效成分的缓慢积累期;第二阶段:有效成分的快速积累期;第三阶段:有效成分的损耗期。结合抗氧化酶变化动态研究,建议对大黄现代干燥方法的开发应当将前期胁迫刺激与后期鲜切干燥加工相结合,即在干燥初期大黄组织具有较强活性时对其施加一定的胁迫刺激促进次生代谢产物的积累,在干燥后期当大黄根茎完全失去活性后对其进行鲜切干燥防止有效成分的损失。4.通过对新鲜大黄、烟熏干燥大黄、阴干大黄进行转录组学分析共获得4191个差异基因,通过注释分析发现这些差异基因主要与大黄的呼吸作用、蒽醌合成和酚酸合成有关。在烟熏干燥和阴干干燥大黄中与上述途径相关的大量基因表达量均上升,说明干燥过程均有利于这些代谢通路的进行,促进有效成分的转化和积累。此外,烟熏干燥对呼吸作用、蒽醌合成和酚酸合成相关基因具有更强的促进能力,说明烟熏干燥使大黄遭受了更强烈的外界胁迫（高温胁迫,化学胁迫,高浓度二氧化碳等胁迫因素）,更有利于大黄中有效成分的转化和积累。5.通过对新鲜大黄、烟熏干燥大黄、阴干大黄进行蛋白组学分析,共获得了1927个差异蛋白。通过注释分析发现这些差异蛋白主要与应激反应、信号转导、碳水化合物和能量代谢和次生代谢产物合成相关。阴干和烟熏干燥均能够促进上述途径中蛋白丰度的上升,但是烟熏干燥具有更强的促进能力,进一步说明烟熏干燥是通过在干燥过程中对大黄施加更加强烈的胁迫作用,从而促进了大黄中酚酸类物质和蒽醌类物质的合成与积累。此外,结合转录组学和蛋白组学数据分析,发现黄烷酮-3-羟化酶、二氢黄酮醇-4-还原酶、花青素合成酶、花青素还原酶、莽草酸脱氢酶、分支酸合酶、Type III polyketide synthases和查尔酮合成酶与大黄中酚酸类物质和蒽醌类物质合成具有紧密的关系,为大黄中活性成分合成调控研究提供了重要理论依据。