针对已知病因或危险因素采取有效且适合的干预措施,达到阻断或降低恶性肿瘤发生的目的,是恶性肿瘤一级预防的重要体现。据国际癌症研究中心估计,全球约20%的人类肿瘤是由病毒所致。人乳头状瘤病毒（Human papillomavirus,HPV）和EB病毒（Epstein-Barr virus,EBV）分别与宫颈癌（Cervical cancer,CC）和鼻咽癌（Nasopharyngeal carcinoma,NPC）等肿瘤高度相关。病毒基因型、基因组突变、感染持续时间和病毒与宿主细胞基因整合情况等均与肿瘤的发生发展密切相关。目前HPV和EBV致瘤基因序列特征分析多基于一代测序,很难识别病毒微小的变异和描述个体内病毒株准种的复杂序列模式。因此,本研究依靠二代测序（Next generation sequencing,NGS）平台高通量和高灵敏度的技术优势,研究分析HPV和EBV肿瘤相关基因序列特征并建立临床适宜的高危准种预测模型,以期对相关肿瘤的个性化防治提供科学依据。第一部分:HPV16阳性宫颈病变患者E6和E7序列特征分析及其细胞功能研究本部分研究共纳入HPV16阳性宫颈标本166例,并对致瘤密切相关的HPV16 E6（氨基酸1-147）和E7（氨基酸1-99）区进行二代测序得到其氨基酸突变和熵特征。通过比较其在高级别鳞状上皮内病变（High-grade squamous intraepithelial lesion,HSIL）与非高级别鳞状上皮内病变（Non-high-grade squamous intraepithelial lesion,NHSIL）患者间的差异,并使用Lasso回归筛选差异位点构建机器学习模型用于评估E6和E7序列特征对宫颈病变的预测作用。研究结果显示,HSIL与NHSIL患者在突变和熵特征上存在显著差异。基于Lasso回归得到的22个特征（8个突变特征和14个熵特征）,逻辑回归模型在训练集中展现出最好的预测作用（AUC=0.972,95%CI:0.944-1.000）,同时也在独立验证集中具有较高的鉴别能力（AUC=0.935,95%CI:0.867-1.000）。进一步统计分析HSIL和NHSIL患者E6/E7序列各位点氨基酸突变频率,得到6个E6差异位点和3个E7差异位点（Wilcoxon＆Fisher’s exact test P＜0.05）。通过蛋白质免疫印迹检测E6-D32E、E6-H85Y和E7-N29S突变位点分别对抑癌蛋白p53和Rb的降解作用,结果显示E6-D32E和E6-H85Y突变位点对p53蛋白降解显著（P＜0.05）,而E7-N29S突变位点对Rb蛋白降解无统计学差异。本部分研究提示基于NGS的HPV16序列特征可以预测HPV16相关HSIL的发生,为宫颈癌的临床预警提供新视角。第二部分:鼻咽癌患者EBV LMP1区序列特征分析本部分共纳入34例EBV阳性全血样本,并对EBV致瘤密切相关的潜伏膜蛋白1（Latent membrane protein 1,LMP1）区进行二代测序。通过分析比较NPC和非肿瘤携带者之间LMP1区（氨基酸1-219）氨基酸突变特征,显示两组患者在LMP1的6个疏水跨膜结构域呈现较高的突变频率。进一步统计分析两组患者LMP1区各位点氨基酸突变频率,共得到18个差异位点（Wilcoxon＆Fisher’s exact test P＜0.05）;其中仅V54F和H101R位点在NPC患者中具有较高的突变频率。此外,对18个差异位点的抗原性分析显示拥有L31P、L33P、L37P、V54F、H101R和V119A突变位点的LMP1具有较低的抗原性;而拥有M44I和G115A突变位点的LMP1具有较高的抗原性。第三部分:PCDH7在EBV相关胃癌中表达调控的初步研究原钙粘蛋白7（Protocadherin 7,PCDH7）是钙粘蛋白超家族的成员之一,在许多类型的人类肿瘤中都有异常表达。作为跨膜蛋白的一员,PCDH7在细胞粘附和下游信号通路介导中发挥重要作用。然而其在EBV相关胃癌（Epstein-Barr virus associated gastric carcinoma,EBVa GC）中的表达情况和调控作用尚不明确。在本部分研究中,我们结合TCGA和GEO在线数据库发现低表达PCDH7的胃腺癌呈现较好的预后。同时,我们体外实验进一步提示PCDH7的过表达增强了胃癌细胞的迁移和侵袭能力。此外,我们发现PCDH7在EBV阳性胃癌细胞系的表达显著低于EBV阴性胃癌细胞系,其中EBV-miR-BART17-5p在PCDH7表达中发挥负调控作用。