大麦分蘖相关miRNA的鉴定与筛选

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大麦(Hordeum vulgare L)是在全世界范围内广泛种植的重要粮食作物。分蘖是影响大麦产量的重要要素之一,而miRNA在分蘖发生发展过程中具有重要调控作用。本课题以大麦分蘖突变体GSHO1990和野生型Bowman为实验材料,通过高通量测序和生物信息学鉴定筛选了与大麦分蘖相关的miRNA,并开展了初步的功能验证工作。主要的结果如下:1.在两个材料从二叶期到五叶一心期中一共鉴定到1608个miRNA。去除数据冗余后比对miRBase数据库中已知miRNA的信息鉴定得到在大麦分蘖节中有505个已知miRNA,再利用miRDeep和psRobot软件鉴定到207个新的候选miRNA;2.以Log|FC|>1和FDR<0.01为筛选条件,在两个材料中筛选出15个miRNA在不同发育时期均显著差异表达;根据miRNA作用的下游靶基因功能筛选到37个影响分蘖的候选miRNA,其中chr4H:400959067..400959145:+(miR400H)预测的下游靶基因和分蘖相关,表达趋势一致且是大麦的新miRNA,确定为进一步功能验证的目标;3.以Log|FC|<0.5为条件筛选了13个基因作为大麦分蘖miRNA表达检测的候选内参基因,经过软件geNorm、Normfinder和Bestkeeper综合分析并验证,确定miR5051和miR5048a是研究大麦分蘖相关miRNA的最佳内参基因;4.通过构建miR400H的过表达载体,进行水稻遗传转化并获得了23株T0代水稻转基因苗;同时进行大麦遗传转化,一共侵染了100个大麦幼胚,已经有愈伤组织分化出绿芽。
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