本文研究的问题是城乡融合背景下的城乡建设用地使用权分层设置问题，讨论建设用地使用权分层设置的相关经济学问题。当前我国城乡加速融合发展，无论城市还是农村对于建设用地总量的需求都在扩大，但是由于严格的耕地保护制度限制了对于建设用地的获取，因此我国建设用地面临着严重的供求矛盾。将土地产权在空间上进行分层设置、加强对土地的分层利用成为破解建设用地资源约束的必然选择。2007年中国《物权法》规定了建设用地使用权可以分层设置，鼓励对于建设用地分层空间的开发，但是实践中却遇到了很多问题，主要就是对于分层建设用地使用权的产权界定模糊，没有具体的法律规定分层建设用地使用权的主体归属、空间边界、时间期限以及具体的权利内容，对此法学研究界进行了大量研究，而经济学界研究较少。本文认为，建设用地是经济发展的基本要素，且不论城市建设用地还是农村建设用地都具有显著的稀缺性，建设用地产权安排及利用问题天然就是一个经济学的问题；对于城乡建设用地使用权分层设置的原因、价值以及方法，也需要从经济学视角进行分析。
　　全文总共包括六个部分：
　　第一章：绪论。本章主要介绍研究背景和研究意义，并对相关概念进行明确界定。在此基础之上提出本文的研究方法、研究目的。同时国内外关于建设用地使用权分层设置的相关文献进行梳理归纳。最后本文研究的创新点和不足之处进行简要概述。
　　第二章：理论基础。对本文的相关理论基础进行论述。建设用地使用权分层设置问题实际上主要是一个产权问题，因此本章通过对马克思主义产权理论和新制度经济学产权理论来的阐述相关问题。建设用地使用权分层设置实际上是我国土地制度改革的其中一个方向，因此本章将通过对制度变迁理论的阐述来分析建设用地使用权分层设置推动的动因和必须要素。由于现在研究视角都局限于城市建设用地使用权的分层安排，忽略了农村集体建设用地使用权分层设置的必要性和可能性，因此加入对城乡融合发展理论分析，明确城乡融合发展背景下，城市和农村建设用地使用权分层设置一同探讨的原因。
　　第三章：城乡建设用地使用权的空间分层理论依据及经济意义。由于建设用地使用权分层实际上是对土地产权的空间分层，而传统的土地产权理论中土地一直是二维平面的，无法为建设用地使用权分层设置提供直接解释和理论支撑。因此本章将土地的空间属性加入土地产权的分析，阐述土地产权的制度变迁、时空分割和市场交易，搭建后文分析的理论依据。同时从土地的经济价值出发，分析城市国有建设用地和农村集体建设用地使用权分层设置的经济意义。
　　第四章：城乡建设用地使用权分层设置的探索与分析。2007年《物权法》首次明确了建设用地使用权可以分层设立之后，国家和地方政府一直在进行相关探索，本文通过对城乡建设用地使用权分层设置的实践探索的梳理，总结实践经验和存在问题。
　　第五章：城乡建设用地使用权分层设置的产权制度安排。通过前文对城乡建设用地使用权分层设置的理论分析和实践经验教训总结。为了更好的促进城乡融合发展背景下城乡建设用地使用权的分层设置，本章尝试从分层使用权的主体归属、时空边界、权利内容三个方面构建分层设置的产权制度安排。
　　第六章：研究结论和政策建议。本章对本文相关研究进行总结，同时提出分层设置产权制度安排所必须的配套政策和措施，以更好的保障我国城乡建设用地使用权分层设置顺利进行。