新冠疫情给公民生命健康和社会安全带来了巨大的威胁,为了有效遏制疫情的传播,全国各地先后采取了隔离、限制出入,封闭城市等各种强有力措施,迅速地控制了疫情,这既保证了民众生命健康安全,也维护了经济社会稳定发展。但是在实际的疫情防控工作中也暴露出了诸多问题,主要表现在公民个人信息、人身自由、人格尊严等权利保障力度不足、涉疫法律之间不协调、规范性文件存在私设义务乱象、公权力的扩张超出法定实施主体的限制与法律授予的边界等,这就导致了疫情防控和公民权利保障之间存在一定的冲突。本文基于此对疫情防控中公民权利保障进行研究,如何让公权力扩张与私权利保障这个天平保持相对平衡,避免国家权力过度干预公民权利,是疫情防控中保护公民权利的重要前提。应当明确即使是出于疫情防控的公共目的,公权力机关对公民权利的限制也应当遵循合法性原则、比例原则、区分原则等必要性原则;在立法层面要立足系统思维、从以前的碎片化立法转向系统性立法,减少涉疫法律之间的矛盾并对疫情防控期间制定的行政规范性文件存在的乱象进行整治;在社会治理中要创建共治型危机管理体制,由政府单一管理转变为政府和其他社会主体共同治理,同时还要完善相应救济补偿制度;在权力约束中应当坚持党的领导,强化权力监督与责任落实,既要防止权力的滥用又要杜绝懒政、慵政等行为。只有这样才能在法治的框架下有序开展抗疫工作,促进有关法律完善,切实保障公民权利,确保公民权利不会被彻底排除和掏空。