【摘 要】
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目的:分析前胶原-赖氨酸,2-酮戊二酸5-双加氧酶（PLOD）基因家族在肾透明细胞癌（clear cell renal cell carcinoma,cc RCC）中的表达及其与临床病理特征、预后的关联性,并探索PLODs基因家族潜在的生物学功能。方法:利用UALCAN数据库分析PLODs基因家族在肾透明细胞癌组织和正常肾组织中m RNA表达水平的差异,并在GEPIA数据库中进行验证。利用CPTA
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目的:分析前胶原-赖氨酸,2-酮戊二酸5-双加氧酶（PLOD）基因家族在肾透明细胞癌（clear cell renal cell carcinoma,cc RCC）中的表达及其与临床病理特征、预后的关联性,并探索PLODs基因家族潜在的生物学功能。方法:利用UALCAN数据库分析PLODs基因家族在肾透明细胞癌组织和正常肾组织中m RNA表达水平的差异,并在GEPIA数据库中进行验证。利用CPTAC模块获得PLODs基因家族在cc RCC中的蛋白质表达水平,并在HPA数据库中提取PLODs基因家族的免疫组化图像,进一步分析其在cc RCC中的表达水平。同时,基于TCGA数据库,分析PLODs基因家族与cc RCC的不同临床T分期、N分期、M分期和病理分级这些临床病理特征的关联性。Kaplan-Meier Plotter数据库分析PLODs基因家族的表达水平与cc RCC患者的预后关系,并将PLODs基因家族纳入多因素分析,构建cc RCC患者的预后模型。通过c Bio Portal数据库检索分析cc RCC中PLODs基因家族的基因突变情况,并基于UALCAN数据库分析PLODs基因家族启动子区甲基化水平。利用R语言软件对PLODs基因家族的正相关基因进行功能富集分析,探索其在cc RCC发生、发展机制中所发挥的潜在生物学作用。最后,利用R语言软件分析PLODs基因家族的表达水平与免疫细胞浸润丰度的相关性,探究PLODs基因家族成为cc RCC患者治疗靶点的可能性。结果:UALCAN数据库分析提示,相比正常组织,PLODs基因家族的m RNA表达水平在cc RCC中明显升高（P＜0.05）,与GEPIA数据库中分析所得结果一致。CPTAC模块检索结果提示,PLODs基因家族在cc RCC中蛋白表达水平较高（P＜0.05）,基于HPA数据库免疫组化图像显示,在cc RCC组织中观察到更多的PLODs基因家族编码的蛋白表达。同时,TCGA数据库分析得证,PLODs基因家族m RNA表达水平与cc RCC患者的临床T分期、N分期、M分期和病理分级密切相关（P＜0.05）。Kaplan-Meier Plotter数据库中生存分析显示,PLODs基因家族的高水平表达与cc RCC患者较低的总体存活率显著相关（P＜0.05）,将PLODs基因家族的表达水平与T分期、N分期、M分期、AJCC临床分期、病理分级共同纳入多因素分析,构建了可以预测cc RCC患者生存率的列线图。此外,c Bio Portal数据库分析结果显示,约18%的cc RCC患者存在PLODs基因组变异,并且变异与患者预后相关（P＜0.05）,同时,cc RCC中PLOD1与PLOD3启动子区甲基化水平较正常组织间较低（P＜0.05）,PLOD2结果相反。富集分析结果表明,PLODs基因家族相关基因主要涉及细胞外基质粘附、糖蛋白代谢、内质网蛋白加工等通路。最后,PLODs基因家族的表达水平与免疫细胞浸润丰度的相关性分析结果表明,PLOD1、PLOD2、PLOD3基因的表达水平分别与Natural killer T细胞、Central memory CD8 T细胞、Central memory CD4 T细胞的浸润丰度显著相关（P＜0.001）。结论:PLOD1,PLOD2,PLOD3在cc RCC组织中呈现高表达,并且其表达水平与患者临床病理特征及预后相关。PLODs基因家族在cc RCC中存在较高的基因突变率,且存在启动子区甲基化水平差异,此外,PLODs基因家族相关基因广泛参与细胞外基质粘附、糖蛋白代谢、内质网蛋白加工等生物学环节,可能是促进肿瘤发生、发展的潜在通路,最后PLODs基因家族的表达与多种免疫细胞的浸润丰度相关。该基因家族有望成为cc RCC新的生物标志物及治疗靶点,但仍需更多基础实验及前瞻性研究验证。
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