白眉山鹧鸪（Arborophila gingica）是我国东南部特有鸟种,国家二级保护动物。以往一直被认为是单型种,后根据形态差异分出新亚种—广西亚种（A.g.guangxiensis）,其仅分布在广西九万山（简称JWS）和大明山（简称DMS）两片相互隔离的区域。本研究选取3个线粒体基因（COI、CYT b、ND2）和4个核基因（ALDOB、FGB、G3PDH、OVOG）作为遗传标记,从分子层面验证广西亚种分类的合理性及新亚种不同地理种群间的遗传分化程度,为制定小种群和濒危物种的保护方案提供基础数据。主要研究结果如下:1.通过单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（π）对白眉山鹧鸪的遗传多样性进行分析。结果显示,在线粒体基因和核基因水平上均表现为高Hd低π（Hd＞0.05,π＜0.005）模式,说明种群经历最近瓶颈效应后又快速扩张,其遗传多样性水平较低。2.通过构建系统发育树和单倍型网络图对其系统发育关系进行研究。结果显示,基于线粒体基因的系统发育树和单倍型网络图均可将白眉山鹧鸪分为两支,一支为指名亚种（A.g.g）,一支为包含JWS和DMS种群的广西亚种,支持了指名亚种和广西亚种的分类划分,JWS和DMS种群未分化到亚种水平,仍同属广西亚种。而基于核基因的系统发育树和单倍型网络图均不能将两个亚种分开。3.基于种群遗传距离和核基因的聚类分析探讨地理种群间的遗传结构。线粒体基因和核基因的平均遗传距离均较小,表明种群间无明显分化。利用核基因数据进行的聚类分析建议将所有地理种群分为指名亚种（ZM）种群、JWS种群、DMS种群3组（K=3）,但聚类分析图显示各种群间无明显分化。4.通过中性检验、错配分布分析和贝叶斯天际图（EBSP）研究种群的历史动态变化。线粒体基因和核基因的中性检验结果均为不显著负值（P＞0.01）,错配分布图均呈多峰分布,结果表明种群未经历最近瓶颈效应或快速扩张,处于稳定状态。联合线粒体基因和核基因的贝叶斯天际图结果显示,种群数量在很长一段时期都处于稳定状态,但在～0.01 Mya种群数量急剧增加。5.联合线粒体基因和核基因通过贝叶斯算法估算亚种间和3个地理种群间的分歧时间。指名亚种和广西亚种的分歧时间为距今0.158 Mya;JWS和DMS种群之间的分歧时间为距今0.1104 Mya,均处于倒数第二次冰期（0.13～0.42 Mya）。综上所述,本研究结果表明,白眉山鹧鸪指名亚种和广西亚种在分子水平上完成分化,证实了指名亚种和广西亚种分类合理性。在地理上隔离的JWS和DMS种群在分子水平上未分化,仍同属广西亚种。白眉山鹧鸪的遗传多样性较低,广西亚种的遗传分化程度较低。因此,建议对白眉山鹧鸪开展种群本底调查,及时掌握种群数量变化;加强对其生存环境的保护和优化;加大宣传教育力度,减少人为干扰;并将广西亚种作为独立保护单元进行保护。