大白猪生长和繁殖性状的全基因组关联分析

来源 :华南农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:anzhen0219
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猪肉是我国最主要的肉类消费产品,同时我国也是世界上最大猪肉生产国和消费国,猪对我国的重要性极大。我国育种工作较欧美国家起步晚,育种相对落后,国内瘦肉型猪是以进口猪“杜长大”三元杂猪为主。而大白猪的生长性状和繁殖性状一直是研究的热点,近年来随着高通量测序的成本逐渐下降和全基因组关联分析(Genomewide association study,GWAS)研究方法已经成熟,有大量来自不同国家和地区的学者对猪的生长性状和繁殖性状做了GWAS研究。结合猪场数十年的生长记录和低成本的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNP)芯片的应用,获得了对大白猪复杂的生长性状和繁殖性状进行研究的可能。因此该研究采用了Gene Seek GGP Porcine HD 50K芯片对广西某场大白猪的生长性状和繁殖性状进行GWAS,寻找有关大白猪生长繁殖性状显著相关的SNP位点及候选基因。选择生长健康、记录完整的645头大白猪,采集耳样,利用Geen Seek GGP-Porcine芯片进行基因分型,对4个生长性状和4个繁殖性状共进行了GWAS后,得到了以下两点:1)本实验通过对生长性状与繁殖性状进行GWAS,一共获得3个全基因组水平显著的位点和10个染色体水平显著的位点,分布在1、2、11、16、18号染色体上。2)通过KEGG、Ensembl等数据库对比检索,一共找到12个潜在的候选基因,初步推断DGKH、DNAJB6、UBE3C等基因可能是影响大白猪繁殖性能的潜在候选基因,影响大白猪生长性能的潜在候选基因则是TBX18。
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