截止至2022年1月,我国已在长江流域建设起一系列水生生物保护区,包含长江干流、支流、通江湖泊和水库等水域在内的332个水生生物保护区。本论文根据水域类型、空间分布、行政区划、主要保护的经济物种、保护对象中的珍稀濒危物种等内容,结合《中华人民共和国长江保护法》,分析了水生生物保护区现状。本研究以农业农村部公布的率先禁捕保护区名录为主体,通过使用中国知网、万方数据库、华中农业大学图书馆、维普数据库、Web of Science等数据平台进行资料收集,以Excel、Google Earth Pro和Arc GIS10.2等软件对长江流域水生生物保护区的地理区划进行分析,探究水生生物保护区建设现状、物种保护状况、保护区管理状况和保护区网络设计状况。为长江流域水生生物保护区的物种保护、保护区建设、管理机制、整体设计提供参考,以期更好地建设水生生物保护区,为水生生物提供更好的保护。主要研究结果如下:1、长江流域共设立有自然保护区54个、水产种质资源保护区278个,保护对象共计212种,其中鱼类141种、鸟类19种、两栖动物13种、软体动物11种、水生植物11种、爬行动物9种、哺乳动物5种、甲壳类3种,涉及47种国家重点保护经济水生动植物和59种国家重点保护野生动物。在主要保护物种中,黄颡鱼、鳜、翘嘴鲌、大鲵被超过25个保护区作为主要保护物种,尚有10种长江流域存在的国家重点保护经济水生动植物未被列为保护物种,保护区的保护力度设置有待调整。长江流域水生生物保护区共计覆盖湖泊、河流、沼泽和山林共计20114.94 km~2。2、长江流域水生生物保护区主要分布在长江中下游区域,拥有30个水生生物保护区的省份有湖北、湖南、安徽、四川、江西和江苏6个省份,保护区面积达16648.8 km~2,占保护区总面积的82.77%。就生物多样性来看,长江上游分布有5个具有重要国际意义的生物多样性地区,中下游为1个,而上游的保护区数量远不及中下游。长江流域的水生生物保护区数量上以支流型保护区最多,湖泊型保护区次之;在总保护面积上以湖泊型保护区为主,支流型保护区次之。有部分不适合作为保护区的城中湖、渔场等被列为保护区,对资源造成了不同程度的浪费;部分湖泊被多家单位申报,分割成多个保护区或是保护区对湖泊进行重复圈划,不但造成了行政资源的浪费,对管理和科研也造成了不便;有些保护区在上报的材料中对保护区的区划及地理坐标不准,有待核实完善。3、长江流域水生生物保护区中有54个为自然保护区,自然保护区中有半数以上均设有专门的管理机构,经过近70年的发展,从国家法律层面到地方管理部门设置再到各自然保护区的规章制度及运行,均发展的较完善。自2007年始,我国水产种质资源保护区经历十几年的发展,水产种质资源保护区建设初具规模,国家也出台了诸如《水产种质资源保护区管理暂行办法》、《中国水生生物资源养护行动纲要》等法规政策,2021年3月《中华人民共和国长江保护法》的落地也为水产种质资源保护区加上一道坚实的保护,有部分水产种质资源保护区也结合国家出具的文件制定了符合当地的管理办法和规定。对水生生物保护区的科学研究也主要集中在自然保护区上,水产种质资源保护区的科研水平相对较为薄弱,这与自然保护区设有较多的专门的管理机构有关。本研究对长江流域的水生生物保护区的建设现状进行研究,为今后保护区的整体设计、保护物种的合理设置、保护区的科学管理等方面提出实际性的建议,为保护长江水生生物资源及水域生态环境提供借鉴参考。