当前,我国生态环境问题相当突出,大气、水、土壤等环境要素污染已成为经济社会下一步可持续协调发展的突出短板。为了扭转生态环境恶化的局面,解决生态环境的突出问题,党中央提出了一系列生态文明建设的指导理论,并且开始全面推行生态文明的体制改革。传统的政府环境管理体制在破除地方保护主义干扰、对地方党政部门责任落实监督等方面存在着明显短板,为了解决这些问题,十八届五中全会提出在生态环境领域开展管理机制改革,通过管理机制改革对环境治理责任配置进行重构,从而提升生态环境治理能力。本文运用访谈法,结合案例分析等研究方法对环境监测垂直管理这一体制改革的相关背景等进行分析,探寻政策出台的出发点,理清改革具体措施之间的逻辑关系。以苏州市环境监测条线的垂直改革为研究目标,研究发现虽然环境监测垂直改革已经基本完成,但是在实际运行的过程中面临着以下困境:一是垂直管理制度的设计上对各级部门间权责关系没有明确,存在着一定的职责交叉现象;二是重视程度不够,相应的配套机制保障不足;三是对环境监测垂直管理的实施和运行效果缺少相应的监督;四是伴随着环境监测在管理体制上的变化,各级环境监测机构的工作职能和重点发生了变化,而相应的专业人才、专业技术力量等却无法满足工作要求。这些困境是政府权力的碎片化、体制设计上不够细化、对垂直管理后环境监测机构的监督权出现真空、对环境监测人才队伍建设重视程度不足造成的。针对这些困境,本文提出细化责任清单、完善体制机制建设、健全监督机制和强化人才队伍建设等对策,从而提高环境治理水平。