髓系白血病中SNP位点分析及CRISPR/Cas9技术敲除ALOX5基因的载体构建

来源 :昆明理工大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ARCHERY6805068
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白血病(leukemia)是一组造血干/祖细胞恶性增殖、并伴有分化及凋亡受阻的恶性血液系统肿瘤。目前认为白血病是多基因、多因素共同作用的结果;不同个体对白血病致病因素的易感程度不相同,病程、结局也不同,提示个体遗传背景可能影响白血病的发生发展。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)是人类基因组中最常见的遗传变异,会影响肿瘤的遗传易感性,在肿瘤的预警、防治及预后中扮演着重要角色。当前,花生四烯5-脂氧合酶(arachidonate 5-lipoxygenase,ALOX5)基因、5-脂氧合酶激活蛋白(5-lipoxygenase activating protein,ALOX5AP)基因、let-7的SNP是否为髓系白血病的遗传易感因素尚不清楚。另外,为深入开展白血病的分子机制研究奠定基础,构建PX458-ALOX5重组的质粒载体,利用CRISPR-Cas9基因编辑技术靶向敲除ALOX5基因。目的:研究与髓系白血病干细胞密切相关的ALOX5基因rs2029253、rs2228064、rs2228065,ALOX5AP 基因 rs10507391、rs4769874,let-7基因rs10877887共6个SNP位点在髓系白血病患者人群与健康对照人群中的基因型和等位基因频率;构建PX458-ALOX5重组质粒载体,利用CRISPR-Cas9基因编辑技术靶向敲除ALOX5基因,为开展白血病的分子病因、分子机制及ALOX5基因功能的研究奠定基础。方法:在知情同意后,收集到云南省第一人民医院就诊的髓系白血病患者骨髓标本150份作为实验组,健康体检人群外周血标本134份作为对照组。提取样本基因组DNA,采用PCR产物直接测序法、聚合酶链反应-限制性片段长度多态性技术(PCR-RFLP)对ALOX5、ALOX5AP、let-7基因的 6 个多态性位点 rs2029253、rs2228064、rs2228065、rs10507391、rs4769874、rs10877887 进行检测,利用 DNAStar、SPSS17.0 软件对实验结果进行分析。通过CRISPR-Cas9技术构建定向敲除ALOX5基因的PX458-ALOX5重组质粒,经过设计、合成靶向ALOX5基因第6外显子的寡核苷酸序列,并克隆到线性化的PX458质粒中,转化感受态大肠杆菌DH5α,通过挑单个阳性克隆进行测序验证,最后将重组质粒转染293T细胞24-48小时,应用荧光显微镜观察细胞的转染结果,提取基因组DNA扩增目的片段后测序检验敲除效果。结果:(1)经卡方检验对照组中各SNP位点的基因型,结果显示其为哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05),提示该研究样本具有代表性。(2)髓系白血病患者ALOX5基因的rs2029253位点AA、AG、GG基因型频率分别为32.2%,21.5%和46.3%;A、G的等位基因频率分别为43.0%和57.0%。AA基因型和A等位基因频率在髓系白血病患者组与对照组中的分布差异具有统计学意义(X2=14.034,P=0.001;X2=4.417,P=0.036);AA 基因型、A等位基因频率增加了髓系白血病易感性,其OR值(P值、95%CI)分别为 2.257(0.001,1.434-4.562)、1.440(0.036,1.024-2.025)。然而,rs2228064、rs2228065位点基因型和等位基因频率在实验组与对照组间的分布无统计学差异。(3)髓系白血病患者组中ALOX5AP基因rs10507391位点的AA、AT、TT基因型频率分别为1.3%、58.7%和40.0%,基因型AA频率在实验组与对照组间的分布差异具有统计学意义(p=0.002),降低了 髓系白血病的易感性(OR:0.126,95%CI:0.028-0.568);然而,rs4769874位点基因型与等位基因在实验组与对照组间的分布差异无统计学意义(P>0.05)。(4)髓系白血病患者组中let-7基因rs10877887位点的各基因型分布频率分别为39.3%(TT),51.4%(TC)和9.3%(CC),其基因型及等位基因频率在实验组与对照组间分布无统计学差异(X2=1.463,P=0.481;X2=1.243,P=0.265)。(5)靶向 ALOX5基因的 sgRNA寡核苷酸双链成功插入PX458质粒中,且测序证实插入序列正确,提示利用CRISPR-Cas9技术成功构建了定向敲除ALOX5基因的重组质粒载体,敲除的靶序列位于ALOX5基因的第6外显子;在转染后的293T细胞中观察到GFP荧光。结论:在髓系白血病患者和健康人群中,(1)ALOX5基因rs2029253位点的AA基因型和A等位基因是髓系白血病发病的易感基因;(2)ALOX5AP基因rs10507391位点的基因型AA降低了髓系白血病的发病风险;(3)ALOX5 基因 rs2228064、rs2228065 位点,ALOX5AP 基因 rs4769874 位点,let-7基因的rs10877887位点的基因型与等位基因与髓系白血病的发病无相关性。(4)利用CRISPR-Cas9技术成功构建了定向敲除ALOX5基因第6外显子的重组载体。
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