近年来，南开大学深入贯彻落实习近平总书记视察南开大学时的重要指示精神，实施以质量和特色为基准的内涵式发展战略，围绕科教兴国和创新驱动发展战略，推动以学科为牵引的人才、教学、科研、开放等相互贯通衔接的一流大学建设。
　　推进世界一流大学内涵建设。围绕“双一流”建设中心任务，推出提升本科教育质量的“南开40条”。按照“聚力登峰、集群发展、前沿交叉”的学科发展思路，统筹推进化学、数学、统计、材料科学与工程等7个学科率先冲击世界一流学科，巩固发展学科高原、新兴交叉学科与新增学科的7+8+X学科建设。全面启动“4211卓越南开行动计划”，实施“文科振兴、理科提升、工科攀登、生医发展”四大计划，推进十大交叉科学中心、十大国际合作中心建设，加速汇聚一批全球顶尖的战略科学家、科技领军人才和创新团队，全面提升南开大学的核心竞争力和国际影响力。
　　增强原始创新和自主创新能力。面向国家需求和国际学术前沿，依托国家重点实验室和协同创新中心，持续组织好基础科学中心、创新群体等重大原始创新平台和团队培育建设，部署若干具有引领性和前瞻性的研究项目，构建科研创新的“大项目、大团队、大平台、大成果”。
　　深化高水平国际科研合作。与337所境外大学建立了国际合作关系，覆盖了全球46个国家和地区。先后成立“南开大学-牛津大学联合研究院”“南开-剑桥国际联合研究中心”“南开-伯明翰联合研究院”“中加水與环境安全联合研发中心”，并就医学生物学、绿色经济、数学与大数据、海绵城市智能决策评估平台等项目的研究开发与合作大学展开深度合作。
　　加快科研成果转移转化。加强校地校企合作，建立健全科技成果转化机制。与津南区政府合作建立津南研究院，重点打造环保及新能源产业、医疗器械及康复产业、新型电子及装备制造产业的科技产业园区。与沧州市人民政府合作建立南开大学-沧州渤海新区绿色化工研究院，依托南开大学化学化工、新能源、新材料等学科，开展技术创新服务、人才培养及科技成果转化。推进“南开大学-拾起卖资源循环与绿色智能研究中心”“南开大学-天津蓖能科技生物航煤技术联合实验室”等校企联合平台建设，推动关键技术创新与科技成果落地实施。
　　完善科研评价与激励机制。围绕国家重大需求，创新人才培养、引进、使用机制，破除“五唯”倾向，尝试开展基础研究差别化评价，推动建立以创新质量和学术贡献为核心的基础研究绩效评价体系。在人文社会科学方面，确立以学术质量、社会影响、实际效果为标准的学术评价导向。重视教师荣誉体系建设，通过设立教学和科研两大奖励等，强化教师的归属感和荣誉感。
　　打造高端智库平台。打造高端智库和科研平台，为国家经济和社会发展提供智力支持。近三年累计有300份政策咨询报告被中央有关部门及地方有关部门采纳。APEC研究中心自1996年起为我国领导人出席APEC会议提交年度咨询报告;中国新一代人工智能发展战略研究院连续2年发布《中国新一代人工智能科技产业发展报告》和《中国新一代人工智能科技产业区域竞争力评价指数》。南开大学牵头的国家级“中国特色社会主义经济建设协同创新中心”，历时四年完成《中国特色社会主义政治经济学通论》。
　　推进京津冀协同发展。成立京津冀发展研究院，承办国务院京津冀协同发展专家咨询委员会第28次会议，牵头举办“雄安新区与京津冀协同发展”高端论坛，打造国内顶尖的京津冀协同发展战略智库。围绕“世界级城市群指标体系”“京津冀教育协同发展”“高质量建设雄安对策”等方面开展专题研究，提交的《京津冀城市定位：理论依据与国际启示》等专项报告，获得高度评价。