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泛素.蛋白酶体途径(ubiquitin.proteasome pathway，I.JPP)参与调节细胞周期进程、基因转录调节、受体胞吞、抗原递呈、细胞增生与分化以及信号转导等各种细胞生理过程。酵母蛋白Doal(ufd3)属于PLAA蛋白家族，与泛素蛋白酶体途径相关联，在泛素依赖的蛋白降解途径中起重要作用，它能与泛素和酵母蛋白Cdc48直接结合，从而帮助Cdc48招募泛素来行使它的功能。Cdc48(p97/VCP)是分子伴侣AAA.ATPase家族中的成员之一，在胞内行使与内质网膜相关联的降解、膜融合、转录引子激活等重要功能，而这些功能的行使都与泛素化有关。
本论文拟采用结构生物学方法解析酵母蛋白Doal的蛋白质结构，以期能够从结构生物学角度阐释Doal在UPP途径以及DNA损伤反应当中所起作用的分子机制，为其其它生物学功能的研究奠定结构生物学基础。
本研究的内容包括：运用基因工程技术克隆Doal(ufd3)(320-C)蛋白基因至PET28a和pGEX-6p.1表达载体；运用原核表达系统表达大量可溶性的Doal(1LJfd3)(320-C)片段；运用亲和层析、离子交换、分子排阻凝胶层析等手段纯化蛋白；通过悬滴气相扩散法筛选蛋白晶体；通过条件梯度方法优化晶体；数据收集，解析结构；通过体外GST pull.down实验验证相互结合位点氨基酸。
本研究结论包括：
1.将酵母蛋白Doal(ufd3)(320-C)的基因片段克隆至pGEX-6P-1和PET28a表达载体；
2.获得大量高纯度的Doal(320-C).6His重组蛋白；
3.筛选得到可用于数据收集、结构解析的蛋白晶体；
4.在国内外首次得到Doal(Ufd3)(320-C)的晶体结构，最终分辨率为2.0A；
5.通过体外GST pull-down实验对能够与Cdc48相互结合的Doal氨基酸位点进行了初步寻找和探索。
本研究在结构分析的基础上探究Doal(ufd3)的生物学功能，对Doal(ufd3)与泛素相互作用的作用机制有了更加深入的了解，对Doal(Ufd3)与Cdc48相互作用的分子机制提供新的依据和研究思路。