科学有效的内部控制是科研事业单位管理的一项重要内容,为其改革发展提供了有力保障。近年来,尽管行政事业单位内部控制的重要性被提上国家治理的高度,但从实践来看,科研事业单位的内部控制建设进程依旧缓慢,提高科研事业单位的管控水平,建立健全科研事业单位的内部控制迫在眉睫。本文对深圳综合开发研究院的内部控制现状和存在的问题及原因进行分析,提出改进措施,具有重要的理论和实践意义。本文以控制论、系统论、委托代理理论为指导,分析行政事业单位建立健全内部控制的政策法规依据。2012年11月29日财政部发布的《行政事业单位内部控制规范(试行)》,是事业单位内部控制建设的直接依据,为科研事业单位内部控制建设提供了指导意见,具体包括风险评估和控制方法、单位和业务层面内部控制、内部控制评价和监督四个方面的内容,明确了内部控制目标、原则、体系,以对行政事业单位的内部控制加以规范。深圳综合开发研究院处于内部控制建设初期阶段。自内部控制体系建立以来,由于内控管理意识相对薄弱、内部控制制度执行不到位、部门之间沟通不畅、管理人员水平等原因,不可避免地存在诸多问题。风险评估活动流于形式;单位层面未建立关键岗位轮岗制度,内部控制信息化不到位;业务层面预算执行控制力度低,未切实开展固定资产定期盘点工作,课题咨询合同管控不严;并且,内部监督和评价考核机制也相当乏力。因此,综合开发研究院应当积极采取措施,完善风险评估体系,系统梳理单位层面和业务层面的风险点;单位层面应当按照规范要求建立关键岗位轮岗制度,建立适合院需要的内部控制信息化系统,业务层面要加强预算管理的执行力度,开展固定资产定期盘点工作,加强课题咨询合同管理,以不断完善内部控制体系,并对内部控制工作进行监督、评价和考核。