杆状病毒AcMNPV microRNA MR40 的鉴定及其靶基因初探

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杆状病毒是一类专门寄生于节肢动物的具有囊膜包被的环状双链DNA病毒,基因组大小为80-180kb。其病毒粒子呈杆状,宿主主要是鳞翅目昆虫幼虫。苜蓿丫纹夜蛾核型多角体病毒(Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus,AcMNPV)是杆状病毒的代表种,其基因组大小为134kbp,编码约151个开放阅读框(open reading frame,ORF),在所有杆状病毒中最早被测出全基因组序列,也是目前为止被研究得最为深入、应用最为广泛的杆状病毒。因此研究AcMNPV microRNAs对认识杆状病毒的基因调节机制,以及杆状病毒与宿主细胞之间相互作用具有重要的参考价值。microRNAs(microRNAs)是一类长度约为19-24nt的内源性非编码小分子RNA,通过碱基序列匹配的方式,识别、结合靶基因mRNA的靶位点,抑制靶基因mRNA的翻译或促使其部分或完全降解,从而实现其对蛋白编码基因表达水平的转录后调控。microRNA已在多种真核生物中发现,参与细胞增殖、分化、代谢、凋亡等一系列重要生理过程的调控。越来越多的研究表明,病毒也能编码microRNA以调控自身基因或宿主基因的表达。本实验室通过生物信息学的方法预测出6条候选AcMNPV microRNAs,其中一条的验证及靶基因和功能的研究已发表报道。本研究对另一条候选microRNA——MR40进行探究。首先通过Northern blot实验证实了microRNA MR40是一条真实存在的microRNA。采用Real Time PCR的方法对MR40在感染sf-9细胞6 h,12 h,24 h,48 h后不同时间点的表达情况进行了分析,实验表明,MR40在病毒感染6 h后开始表达,且表达量最大,6 h p.i.后逐渐降低。随后用mi Randa软件预测出MR40的5个候选靶基因,其中Ac-lef6基因的分值最高。双荧光素酶报告实验结果显示,MR40对lef-6,lef11,Ac-orf49,Ac-orf63基因的表达有下调的作用。过表达MR40能够降低BV的感染力,而对病毒粒子多角体的形成没有明显的影响。
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