在隐喻的多学科研究广泛兴起的基础上，对于科学隐喻进行专门研究的要求也自然而又必然地成为科学哲学的一个新兴研究领域。隐喻分析的方法正在卓有成效地移植到科学哲学的研究中，成为一种有前途的研究范式。本论文以隐喻研究的一般理论尤其是语言哲学和科学哲学的相关成果为基本依据，试图在隐喻理论与科学隐喻之间建立一种稳定而理性的连接，着重突出并强调科学隐喻的本质、结构、特征、功能及其意义。本论文包括绪论、五个系统性论述、结束语、附录及后记。绪论部分对科学隐喻的渊源，即一般隐喻及其研究史作出了梳理，为科学隐喻问题的提出准备必要的铺垫工作：探讨了一般隐喻的意义问题，从内涵和外延两方面对隐喻的基本含义进行了描述，同时引证经典工具书和哲学著作中所给出的正式定义并给出了必要的分析和评价；对于隐喻研究的简要历史进行了较为细致的梳理，意在揭示隐喻研究历史的内在逻辑线索，展现人类对于隐喻认知和反思不断深化的过程。在此基础上，引入了本论文所要集中探讨的主题科学隐喻：描述了科学隐喻在历史上被遮蔽的原因及其凸显的历史条件，介绍了科学隐喻研究在二十世纪的滥觞及其兴盛。第一章为“科学隐喻的本质”，首先考察了科学隐喻的实存性问题，对于数学隐喻、物理学隐喻、化学隐喻以及生物学隐喻的一些典型案例进行了介绍和分析，证明科学隐喻在科学理论的陈述中是非常普遍地、深刻地存在着的；其次，从科学隐喻的产生、内涵、运作机制等方面对科学隐喻的本质进行了较为全面的阐述，指出科学隐喻本质上是科学共同体所运用的一种理性、对话性的特殊的认识论与方法论工具；最后，较为详细地比较分析了科学隐喻与科学类比、科学模型之间的区别与联系，指出后两者实际上都具有隐喻性。第二章为“科学隐喻的结构”。科学隐喻的结构主要体现在以下三个层面：从语言学层面来看，科学隐喻呈现为一种科学语言形态；从概念认知层面来看，科学隐喻呈现为一种科学概念形态；从思维运作层面来看，科学隐喻呈现为一种独特的科学思维和推理形态。科学隐喻的整体结构的意义在于这三个方面的统一。其中，处于概念认知层面的概念隐喻是隐喻语言和隐喻思维的中介：隐喻思维透过隐喻概念构成隐喻语言的内核，隐喻语言则通过其所表征的概念隐喻的组合体现一定的隐喻思维的意向性与特征，它们之间是一种互为表里的关系，理解科学隐喻的结构必须要从这三个层面上综合地加以把握。本章首先分析描述了科学隐喻的语言学结构，指出科学隐喻是以语形构造为基本载体、语义映射为本质、语用选择为生成方式的语境统一体；其次，从概念隐喻和根隐喻两个层次对于科学隐喻的概念认知结构进行了说明；最后，从人类所固有的涉身推理模式和社会文化建制的影响两方面阐述了科学隐喻的思维运作结构。第三章为“科学隐喻的特征”。首先，从科学隐喻构造的分类学逻辑、本质的可能世界语义学逻辑、真值的模糊逻辑以及推理的不明推论逻辑等方面对于科学隐喻的逻辑特征进行了初步的探索；其次，从开放性、益折性和辨证性的角度对于科学隐喻的指称特征进行了描画；最后，归纳了科学隐喻在科学理论中所表现出的整体性基本特征：在科学理论的构造方面，科学隐喻具有鲜明的意向性特征；在科学理论的解释方面，科学隐喻具有强烈的语境化特征；在科学理论的发展方面，科学隐喻具有显著的动力学特征。第四章为“科学隐喻的功能”。科学隐喻的功能是由其特殊的本质、结构和特征所决定的。从科学隐喻运作的整体性角度来看，科学隐喻在科学实践活动中所具有的独特功能主要涵盖了科学认识论和方法论的方面：在认识论方面，科学隐喻发挥着认知启示、认知经济、认知构造以及认知范型的作用；在方法论方面，科学隐喻的功能主要体现在科学理论发明、科学理论表征、科学理论解释以及科学理论交流等环节。科学隐喻这些不同方面的功能在绝大多数情况下是相互重迭的，本质上也是内在地统一的。第五章为“科学隐喻的意义”。一方面，科学隐喻研究的勃兴有其内在的历史逻辑，它与科学修辞学转向具有极为密切的相关性，体现出重要的修辞学意义；另一方面，科学隐喻合法性地位的确立与巩固也有其哲学理论背景的推动，这种推动建立在对于科学隐喻、科学语言与科学思维内在统一性认识的基础之上，与后现代主义科学观的基本理念相契合，与后现代科学哲学发展的趋势相一致，同时，科学隐喻研究的深入对当代科学实在论的进展也将起到有益的启迪作用。结束语对论文中所提出的主要观点进行了概括总结，强调科学隐喻研究对于当代科学哲学进一步向纵深发展所具有的重要意义，指出隐喻分析应当也能够成为未来科学哲学研究的一种新范式。附录为“科学隐喻与科学哲学”，记载了作者对英国科学哲学家玛丽·海西教授所作的一次关于科学隐喻与科学哲学的访谈。后记为致谢部分。