1990年我国设立保税区制度以来，在关税制度、仓储物流、服务贸易等方面进行了具体的实践，取得了成绩，也发现了问题。保税区作为我国对外贸易的重要实践，极大地便利了外贸仓储、转运，乃至终端货物交易。然而，保税区所取得的这些成绩，大多建立在中央政府给予保税区的政策优惠，特别是税收优惠。从本质上来看，这些优惠是一种政策的洼地。其弊端在于，这些优惠能够在局部形成一定的以价换量，拉动配套产业的发展，实现效益，但在全国范围内不具备推广意义。这与改革开放初期的经济特区制度，以及全国各地的招商引资制度一样，是一种通过牺牲长期利益来谋求短期利益，通过时间成本来弥补长期利益损失的发展模式。在这种困境下，自贸区逐步替代保税区，让国内企业和国内资本有一块参与国际竞争的试验田，政府在经济政策和法律的修订上能够在自贸区中试点，成为了当下“中国经济新常态”的一个伟大而急需的实践。　　中国（上海）国际自由贸易试验区的成立，拉开了我国关于自由贸易区建设与试验的序幕。自由贸易区采用“负面清单”这一行政审批方式，这一全新的行政审批方式将伴随自贸区同步进行试验。　　负面清单这一概念由来已久，且在欧美发达国家的国际贸易领域使用了很长一段时间，取得非常多的实践经验。这些经验，反过来对负面清单制度的修订和完善起到了非常大的作用。中国（上海）自由贸易试验区施行负面清单制度，是负面清单制度在发展中国家的一次伟大试验。试验的成功与否，都将对该制度的发展提供充分的经验指导。　　本文使用新制度经济学和新公共管理理论，分析上海自贸区“负面清单”的现状与存在的问题。同时参考新加坡、台湾、巴拿马自贸区的实践经验，主要从立法、具体政策、资源配置这三个方面给出自贸区改革的建议。　　立法方面，应该在全国人大层面制定法律，全面考察自贸区制度的存废与适用范围，对于自贸区的选址、建立、运行、终止，甚至是自贸区的废除和其他问题进行全面立法。必须“先立法、后试验”，对自贸区和负面清单的整个生命过程进行人大立法，今后自贸区的推广要有法可依。　　具体政策方面，自贸区所在地应当积极出台配套政策，及时修改与国家立法和负面清单规定中不适配的内容，与国家层面的政策紧密衔接、无缝衔接。发挥市场监管职能的工商、税务、公安、卫生、检验检疫等部门应当在部委层面出台配合自贸区总体规划与负面清单的相关政策，自上而下地给予自贸区所在地方的所属监管部门以业务指导。　　资源配置方面，一是中央及地方人力及社会保障部门、国家编制部门应该给予市场监管部门更多的人员编制，让这些部门通过有关途径招募更多的人才，充实市场监管队伍；二是应当加大对市场监管人员的培养，在政策法规上对监管队伍的教育与培训提出硬性要求，使得市场监管队伍尽快适应自贸区和负面清单制度推行的需要；三是市场监管部门的调整，可以考虑在自贸区与负面清单制度的试验中加入监管部门改革的实验内容，以求打造出新型的市场监管部门架构与权责清单。　　本文的创新点在于，通过在自贸区试验负面清单制度来找出符合我国国情的负面清单和负面清单演进路径，使之能够适应于整个国家以及适配于经济发展程度不同的全国各个地区（特别是欠发达地区）。本文研究的不足是，没有讨论目前的负面清单制度的改进是否存在合理性与有效性问题，以及实施负面清单以来上海自贸区的效益改善情况。