元代是理学发展史上的一个重要时期，其主要特征是理学实现了官学化。而理学在元代的官学化过程是曲折、艰难的。在蒙古人灭金、灭宋的过程中，民族文化的冲突加剧，蒙古大汗们的统治观念也在发生着变化。建元以后，元朝帝王更多地接触到汉文化，对理学的认识也较宋代帝王深刻，开始意识到理学对封建统治的作用，为缓解民族矛盾，加强封建统治，从元世祖忽必烈到元仁宗爱育黎拔力八达，逐步深入地推行“汉法”政策和“兴儒”方略，重用儒士是理学官学化的一个重要前提。与此同时，理学在以赵复为代表的一些理学家们的推动下，实现了北传。赵复的讲学活动让蒙元统治者和北方儒士接触和认识了南方理学，再经过姚枢、许衡、郝经等仕元名臣的努力，得以在北方和蒙古人中逐步推广。但元初政治的动荡，汉人在元朝帝王心中地位的不稳定，使理学家们在北方的努力举步惟艰。民间儒士以吴澄、刘因等为首，致力于理学的传播和普及。随着元代书院的勃兴，书院官学化特征的显现，理学开始由民间学术向官学转变。最终，在李孟、程钜夫等的进一步推动下，在元仁宗时期实现了官学化。曲折的官学化过程，使理学自身也发生了变化，元代理学为适应统治阶级的要求，实现学术的意识形态化，出现了务实的特征。理学在元代官学化，既有促进文化交流与发展、政权稳定的积极作用，也有对学术发展产生束缚的消极影响。