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应用中心产区典型群简单随机抽样方法在浙江省湖州市和陕西省白水县分别抽取具有独立血统的63只湖羊和65只同羊，测量体尺并观测相对形态学特征标记的表型频率；用淀粉凝胶多座位电泳法检测控制血液酶和其它蛋白质的14个结构基因座上的变异，分析总体频率样本估计值的可靠性和精确度；检测分布于6条不同染色体上的7个“微卫星”DNA位点的多型。同时，在江苏省扬州市郊区简单随机抽样49只长江三角洲白山羊作为对照群体。结果表明： 1．形态学特征、血液酶和其它蛋白质多型以及“微卫星”DNA多型等方面的遗传标记揭示了湖羊、同羊基因库的内容，基本上反映了各自品种的遗传结构和种质特性。 2．在所检测的14个血液酶和其它蛋白质结构基因座上，湖羊群体有12个座位存在多型，各座位的优势基因分别为P0S、TfD、AlpB-、Ary-EsEs-、LapB、Hb-βB、X-px、CAS、CatC、LyA、Keh；同羊群体有11个座位存在多型，各座位的优势基因分别为TfC、AlpB-、Ary-EsEs+、LapB、Hb-βB、X-px、CAS、MDHS、CatC、LyA、Keh。3.湖羊和同羊群体的血液酶和其它蛋白质结构基因座的基因平均杂合度分别为0.3081和0.3253，说明湖羊群体内的遗传变异程度小于同羊群体。4.7个“微卫星”位点在湖羊和同羊群体中都呈高度多型状态，群体的基因平均杂合度分别为0.90%和0.9177，群体的基因平均多态信息含量分别为0.9024和0.9116，这也说明湖羊群体内的遗传变异程度小于同羊群体。5.以湖羊、同羊、长江三角洲白山羊群体11个血液酶和其它蛋白质结构基因座的等位基因频率为基础，搜集国内外其它21个绵羊群体的相同资料，构建、合成描述群体间遗传相似性的模糊等价关系矩阵，对24个群体进行亲缘关系聚类.结果表明:湖羊群体与同羊群体的亲缘关系较近，它们与蒙古利亚的绵羊群体亲缘关系也相对较近;它们可能在更早的世代具有共同的起源。这个结果吻合于已知的历史事实。